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万見
- PDB-1ooh: Complex of Drosophila odorant binding protein LUSH with butanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ooh
タイトルComplex of Drosophila odorant binding protein LUSH with butanol
要素odorant binding protein LUSH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LUSH / Alcohol / Odorant Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


diphenyl phthalate binding / courtship behavior / response to pheromone / dibutyl phthalate binding / pheromone binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-BUTANOL / ACETATE ION / General odorant-binding protein lush
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Kruse, S.W. / Zhao, R. / Smith, D.P. / Jones, D.N.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of a specific alcohol-binding site defined by the odorant binding protein LUSH from Drosophila melanogaster
著者: Kruse, S.W. / Zhao, R. / Smith, D.P. / Jones, D.N.M.
履歴
登録2003年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: odorant binding protein LUSH
B: odorant binding protein LUSH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2668
ポリマ－28,8812
非ポリマー3846
水5,927329
1
A: odorant binding protein LUSH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6334
ポリマ－14,4411
非ポリマー1923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: odorant binding protein LUSH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6334
ポリマ－14,4411
非ポリマー1923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.938, 46.938, 111.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 odorant binding protein LUSH


分子量: 14440.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株: Oregon R / 組織: subset of trichoid olfactory sensilla / 遺伝子: lush / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O02372
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, sodium acetate, n-butanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 or 18 ℃ / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMsodium acetate1reservoirpH4.0
225-30 %(w/v)PEG40001reservoir
30.3 %(v/v)alcohol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月21日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. all: 66271 / Num. obs: 64084 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5918 / % possible all: 89.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 196015
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OOF

1oof


解像度: 1.25→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.941 / SU ML: 0.044 / Isotropic thermal model: anisotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18501 6344 10.1 %RANDOM
Rwork0.16044 ---
all0.16294 59607 --
obs0.16294 56323 94.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2081 0 26 329 2436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9752879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74334593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5433250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.59315458
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.3521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.31869
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.5197
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.771.51295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34422101
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.923856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0974.5778
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.94722151
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.9732329
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.55422107
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.318 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.202 828
Rwork0.171 7311
obs-8073
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.185 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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