PDB-1oof: Complex of Drosophila odorant binding protein LUSH with ethanol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oof

タイトル

Complex of Drosophila odorant binding protein LUSH with ethanol

要素

odorant binding protein LUSH

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / LUSH / Alcohol / Odorant Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

diphenyl phthalate binding / dibutyl phthalate binding / response to pheromone / courtship behavior / pheromone binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Kruse, S.W. / Zhao, R. / Smith, D.P. / Jones, D.N.M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of a specific alcohol-binding site defined by the odorant binding protein LUSH from Drosophila melanogaster
著者: Kruse, S.W. / Zhao, R. / Smith, D.P. / Jones, D.N.M.

履歴

登録	2003年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oof.cif.gz	67 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oof.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/1oof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/1oof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oogC 1oohC 1ooiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b7a-2 3b86-2 3b88-1 3b86-1 1oog-2 3b6x-1 1ooh-1 1oog-1 1t14-2 3b87-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: odorant binding protein LUSH

B: odorant binding protein LUSH

ヘテロ分子

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: odorant binding protein LUSH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: odorant binding protein LUSH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.942, 46.942, 111.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	odorant binding protein LUSH 分子量: 14215.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株: Oregon R / 組織: subset of trichoid olfactory sensilla / 遺伝子: lush / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O02372
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, sodium acetate, ethanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 or 18 ℃ / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	100 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH4.0
2	25-30 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
3	0.3 %(v/v)	alcohol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月21日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→30 Å / Num. all: 39458 / Num. obs: 38748 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.49→1.54 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3918 / % possible all: 99.5
反射	PLUS Num. measured all*: 119487
反射シェル	PLUS % possible obs*: 99.5 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.49→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.155 / SU ML: 0.081 / Isotropic thermal model: isotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21002	3785	10 %	RANDOM
R_work	0.17821	-	-	-
all	0.18135	35363	-	-
obs	0.18135	33970	96.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2030	0	16	240	2286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.976	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.036	3	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.481	3	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.823	15	441
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.3	481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.3	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.018	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.3	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.3	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.03	1.5	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.832	2	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.015	3	822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.978	4.5	748

LS精密化シェル

解像度: 1.49→1.57 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.239	569
R_work	0.201	4766
obs	-	5330

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.21 / R_factor R_work: 0.178

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.445

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関連情報:EMDBヘッダ

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