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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ooe | ||||||
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タイトル | Structural Genomics of Caenorhabditis elegans : Dihydropteridine reductase | ||||||
![]() | Dihydropteridine reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Dihydropteridine reductase / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() Phenylalanine metabolism / 6,7-dihydropteridine reductase activity / NADH binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / NADPH binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Symersky, J. / Li, S. / Nagy, L. / Qiu, S. / Lin, G. / Tsao, J. / Luo, D. / Carson, M. / DeLucas, L. / Luo, M. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural genomics of Caenorhabditis elegans: structure of dihydropteridine reductase. 著者: Symersky, J. / Li, S. / Carson, M. / Luo, D. / Luan, C.H. / Luo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dhrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24734.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pDEST 17.1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K RESERVOIR: 20% PEG8000, 10 MM MGCL2, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM MES, PH 5.6; PROTEIN STOCK: 17.3 MG/ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0; ...詳細: pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K RESERVOIR: 20% PEG8000, 10 MM MGCL2, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM MES, PH 5.6; PROTEIN STOCK: 17.3 MG/ML IN 10 MM HEPES, PH 7.0; DROPS: 2 MICROLITERS OF PROTEIN STOCK + 4 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07175 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 56662 / Num. obs: 56662 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 0.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2969 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 74 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 32.28 Å / % possible obs: 95.3 % / Num. measured all: 102854 / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.71 Å / % possible obs: 93.8 % / Rmerge(I) obs: 0.281 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1DHR 解像度: 1.65→32.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THE ELECTRON DENSITY AND RSR VALUE SUPPORT THE CONFORMATION OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9819 Å2 / ksol: 0.294278 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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