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万見
- PDB-1omn: SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIC, A HIGH AFFINITY OF P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1omn
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIC, A HIGH AFFINITY OF P-TYPE CALCIUM CHANNELS, USING 1H NMR SPECTROSCOPY AND COMPLETE RELAXATION MATRIX ANALYSIS
要素OMEGA-CONOTOXIN M VII C (M SEVEN C)
キーワードNEUROTOXIN / P-TYPE CALCIUM CHANNEL BLOCKER / CONUS VENOM / PRESYNAPTIC NEUROTOXIN / CONOTOXIN
機能・相同性Conotoxin, omega-type, conserved site / Omega-conotoxin family signature. / host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Omega-conotoxin MVIIC
機能・相同性情報
生物種Conus magus (ヤキイモ)
手法溶液NMR
データ登録者Farr-Jones, S. / Basus, V.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Solution structure of omega-conotoxin MVIIC, a high affinity ligand of P-type calcium channels, using 1H NMR spectroscopy and complete relaxation matrix analysis.
著者: Farr-Jones, S. / Miljanich, G.P. / Nadasdi, L. / Ramachandran, J. / Basus, V.J.
#1: ジャーナル: Neuron / 年: 1992
タイトル: A New Conus Peptide Ligand for Mammalian Presynaptic Ca2+ Channels
著者: Hillyard, D.R. / Monje, V.D. / Mintz, I.M. / Cruz, L.J. / Imperial, J.S. / Olivera, B.M.
履歴
登録1994年12月20日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMEGA-CONOTOXIN M VII C (M SEVEN C)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7611
ポリマ－2,7611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: LYS 2 - GLY 3 MODEL 1 OMEGA = 148.91 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: GLY 3 - LYS 4 MODEL 1 OMEGA = 210.78 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: LYS 25 - CYS 26 MODEL 1 OMEGA = 210.64 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: CYS 1 - LYS 2 MODEL 2 OMEGA = 210.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: ARG 9 - LYS 10 MODEL 2 OMEGA = 210.11 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: CYS 16 - SER 17 MODEL 2 OMEGA = 210.32 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: GLY 18 - SER 19 MODEL 2 OMEGA = 210.06 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
8: LYS 4 - GLY 5 MODEL 3 OMEGA = 210.33 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: ARG 9 - LYS 10 MODEL 3 OMEGA = 210.47 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
10: MET 12 - TYR 13 MODEL 3 OMEGA = 149.80 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
11: CYS 16 - SER 17 MODEL 3 OMEGA = 210.90 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
12: GLY 18 - SER 19 MODEL 3 OMEGA = 210.74 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
13: LYS 2 - GLY 3 MODEL 4 OMEGA = 149.39 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
14: GLY 3 - LYS 4 MODEL 4 OMEGA = 210.17 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
15: LYS 25 - CYS 26 MODEL 4 OMEGA = 210.88 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
16: GLY 3 - LYS 4 MODEL 5 OMEGA = 210.46 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
17: ARG 9 - LYS 10 MODEL 5 OMEGA = 210.13 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
18: GLY 18 - SER 19 MODEL 5 OMEGA = 210.07 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
19: LYS 25 - CYS 26 MODEL 5 OMEGA = 211.17 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
20: LYS 2 - GLY 3 MODEL 6 OMEGA = 149.18 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
21: CYS 1 - LYS 2 MODEL 7 OMEGA = 210.47 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
22: LYS 2 - GLY 3 MODEL 7 OMEGA = 148.72 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
23: GLY 3 - LYS 4 MODEL 7 OMEGA = 210.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
24: ARG 9 - LYS 10 MODEL 7 OMEGA = 210.28 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
25: CYS 16 - SER 17 MODEL 7 OMEGA = 210.33 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
26: LYS 25 - CYS 26 MODEL 7 OMEGA = 211.16 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
27: LYS 2 - GLY 3 MODEL 8 OMEGA = 149.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
28: CYS 16 - SER 17 MODEL 8 OMEGA = 210.08 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
29: ARG 9 - LYS 10 MODEL 9 OMEGA = 210.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
30: CYS 16 - SER 17 MODEL 9 OMEGA = 210.41 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
31: CYS 1 - LYS 2 MODEL 10 OMEGA = 210.21 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
32: LYS 2 - GLY 3 MODEL 10 OMEGA = 148.67 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
33: GLY 3 - LYS 4 MODEL 10 OMEGA = 210.30 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
34: ARG 9 - LYS 10 MODEL 10 OMEGA = 210.46 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
35: CYS 20 - GLY 21 MODEL 10 OMEGA = 210.21 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
36: LYS 25 - CYS 26 MODEL 10 OMEGA = 210.35 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
37: LYS 2 - GLY 3 MODEL 11 OMEGA = 149.99 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
38: SER 17 - GLY 18 MODEL 11 OMEGA = 210.04 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
39: ARG 9 - LYS 10 MODEL 12 OMEGA = 210.13 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
40: LYS 25 - CYS 26 MODEL 12 OMEGA = 211.32 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
41: LYS 2 - GLY 3 MODEL 13 OMEGA = 149.83 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
42: GLY 3 - LYS 4 MODEL 13 OMEGA = 210.39 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
43: ARG 9 - LYS 10 MODEL 13 OMEGA = 210.20 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
44: LYS 25 - CYS 26 MODEL 13 OMEGA = 210.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
45: ARG 9 - LYS 10 MODEL 14 OMEGA = 210.52 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
46: ASP 14 - CYS 15 MODEL 14 OMEGA = 210.33 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
47: CYS 16 - SER 17 MODEL 15 OMEGA = 210.45 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OMEGA-CONOTOXIN M VII C (M SEVEN C) / SNX-230


分子量: 2761.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Conus magus (ヤキイモ) / 器官: VENOM DUCT / 参照: UniProt: P37300
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software名称: Amber / バージョン: 4.1
開発者: PEARLMAN,CASE,CALDWELL,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN
分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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