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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1omi
タイトルCrystal structure of PrfA,the transcriptional regulator in Listeria monocytogenes
要素Listeriolysin regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator PrfA / CAP fold / LISTERIA MONOCYTOGENES / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single helix bin / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Listeriolysin regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Thirumuruhan, R. / Rajashankar, K. / Fedorov, A.A. / Dodatko, T. / Chance, M.R. / Cossart, P. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PrfA, the transcriptional regulator in Listeria monocytogenes
著者: Thirumuruhan, R. / Rajashankar, K. / Fedorov, A.A. / Dodatko, T. / Chance, M.R. / Cossart, P. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: Int.J.Med.Microbiol. / 年: 2002
タイトル: Molecular and cellular basis of the infection by Listeria monocytogenes: an overview
著者: Cossart, P.
#2: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1996
タイトル: A single subsitution in the putative helix-turn-helix motif of the pleiotropic activator PrfA attenuates Listeria monocytogenes virulance
著者: Sheehan, B. / Klarsfeld, A. / Ebright, R. / Cossart, P.
履歴
登録2003年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Listeriolysin regulatory protein
B: Listeriolysin regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8814
ポリマ－56,6972
非ポリマー1842
水00
1
A: Listeriolysin regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4412
ポリマ－28,3491
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Listeriolysin regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4412
ポリマ－28,3491
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.430, 72.091, 114.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Listeriolysin regulatory protein


分子量: 28348.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: PRFA OR LMO0200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22262
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.622 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 319 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% ethanol, 0.1M tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 319K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 16444 / Num. obs: 16444 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 701 4.9 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.248 14309 97.7 %-
all-14309 --
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 35.9697 Å2 / ksol: 0.309603 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3688 0 12 0 3700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.069 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 61 4.5 %
Rwork0.43 1155 -
obs-1364 84.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4gol_xplor_par.txtgol_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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