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- PDB-1om2: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE MITOCHONDRIAL PROTEIN IMPORT RECEPT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1om2
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE MITOCHONDRIAL PROTEIN IMPORT RECEPTOR TOM20 FROM RAT IN A COMPLEX WITH A PRESEQUENCE PEPTIDE DERIVED FROM RAT ALDEHYDE DEHYDROGENASE (ALDH)
要素
  • PROTEIN (MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE)
  • PROTEIN (MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20)
キーワードRECEPTOR/OXIDOREDUCTASE COMPLEX / MITOCHONDRIAL PROTEIN IMPORT ACROSS OUTER MEMBRANE / RECEPTOR FOR PRESEQUENCES / MITOCHONDRIAL TARGETING SIGNAL / PRESEQUENCE PEPTIDE / RECEPTOR-OXIDOREDUCTASE COMPLEX COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion ...cellular response to resveratrol / Ethanol oxidation / acetaldehyde metabolic process / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / Mitochondrial protein degradation / regulation of response to oxidative stress / Smooth Muscle Contraction / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tRNA import into mitochondrion / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / ethanol catabolic process / Ub-specific processing proteases / NADH binding / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / migrasome / protein import into mitochondrial matrix / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / protein-transporting ATPase activity / cellular detoxification of aldehyde / carboxylesterase activity / behavioral response to ethanol / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial envelope / protein targeting to mitochondrion / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to fatty acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / apoptotic mitochondrial changes / response to muscle activity / response to testosterone / response to hyperoxia / cellular response to hormone stimulus / sperm midpiece / liver development / response to progesterone / response to ischemia / cell periphery / intracellular protein transport / response to nicotine / : / unfolded protein binding / response to estradiol / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION WITH AMBER FORCE FIELD
データ登録者Abe, Y. / Shodai, T. / Muto, T. / Mihara, K. / Torii, H. / Nishikawa, S. / Endo, T. / Kohda, D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Structural basis of presequence recognition by the mitochondrial protein import receptor Tom20.
著者: Abe, Y. / Shodai, T. / Muto, T. / Mihara, K. / Torii, H. / Nishikawa, S. / Endo, T. / Kohda, D.
履歴
登録1999年4月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20)
B: PROTEIN (MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6972
ポリマ－11,6972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MITOCHONDRIAL IMPORT RECEPTOR SUBUNIT TOM20)


分子量: 10462.907 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 51-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYTOSOLIC DOMAIN, LIMITED PROTEOLYZED FRAGMENT / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL OUTER MEMBRANE / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PET-21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q62760
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN (MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE) / ALDH


分子量: 1234.450 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 12-22 / Mutation: A21Y / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE IS NATUALLY FOUND IN RATTUS NORVEGICUS (RAT). THE EXPRESSION SYSTEM WAS ESCHERICHIA COLI, STRAIN BL21(DE3), PLASMID PET-17XB.
参照: UniProt: P11884, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CO)CA
131CBCA(CO)NH
141HN(CA)CB
151HBHA(CO)NH
161C(CO)NH-TOCSY HC(CO)NH-TOCSY
171(H)CCH-COSY
181(H)CCH-TOCSY
19115N-RESOLVED NOESY
110115N-RESOLVED TOCSY
1111NOESY
1121TOCSY
1131HNHA
1141{1H}-15N NOE
11513D F1 13C-FILTERED-F3 13C-RESOLVED NOESY
11612D F1/F2 13C-FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: THE INTRA-TOM20 PROTEIN NOES WERE OBTAINED AT PH5.4 AND 0.02M CHAPSO ( DETERGENT) IN THE ABSENCE OF THE PEPTIDE USING 3D 15N-RESOLVED AND 3D 13C- RESOLVED NOESY SPECTRA. THE INTRA-PEPTIDE NOES ...Text: THE INTRA-TOM20 PROTEIN NOES WERE OBTAINED AT PH5.4 AND 0.02M CHAPSO ( DETERGENT) IN THE ABSENCE OF THE PEPTIDE USING 3D 15N-RESOLVED AND 3D 13C- RESOLVED NOESY SPECTRA. THE INTRA-PEPTIDE NOES AND INTERMOLECULAR NOES WERE COLLECTED AT PH6.8 IN THE ABSENCE OF CHAPSO USING 2D AND 3D NOESY SPECTRA WITH ISOTOPE FILTERS. THE NOE ASSIGNMENT WAS COMPLETED BY USING SEQUENCE- SPECIFICALLY DEUTERATED DERIVATIVES OF THE PEPTIDE. THESE THREE NOE SETS WERE COMBINED TO CALCULATE THE COMPLEX STRUCTURE OF TOM20 AND THE PRESEQUENCE PEPTIDE.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O, 100% D2O
試料状態イオン強度: 0.02M / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX600BrukerDMX6006001
Bruker DMX750BrukerDMX7507502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA 1.5, EMBOSS5GUNTERT & WUTHRICH, NAKAI & NAKAMURA精密化
DYANA構造決定
EMBOSS構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION WITH AMBER FORCE FIELD
ソフトェア番号: 1
詳細: DEPOSITED COORDINATES WERE CALCULATED BASED ON 1012 NOE-DERIVED DISTANCE, 80 SLOWLY EXCHANGING AMIDE PROTON-DERIVED DISTANCE, AND 39 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. NO VIOLATIONS OF DISTANCE ...詳細: DEPOSITED COORDINATES WERE CALCULATED BASED ON 1012 NOE-DERIVED DISTANCE, 80 SLOWLY EXCHANGING AMIDE PROTON-DERIVED DISTANCE, AND 39 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. NO VIOLATIONS OF DISTANCE RESTRAINTS EXCEED 0.33 ANGSTROMS, AND NO VIOLATIONS OF ANGLE CONSTRAINTS EXCEED 2.8 DEGREES.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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