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- PDB-1olt: Coproporphyrinogen III oxidase (HemN) from Escherichia coli is a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1olt
タイトルCoproporphyrinogen III oxidase (HemN) from Escherichia coli is a Radical SAM enzyme.
要素OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / HEME BIOSYNTHESIS / DECARBOXYLASE / RADICAL SAM ENZYME / 4FE- 4S CLUSTER / S-ADENOSYL-L-METHIONINE
機能・相同性
機能・相同性情報


coproporphyrinogen dehydrogenase / coproporphyrinogen dehydrogenase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process from glutamate / coproporphyrinogen oxidase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #920 / Oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase HemN / HemN, C-terminal / Anaerobic coproporphyrinogen-III oxidase / HemN C-terminal domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #920 / Oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase HemN / HemN, C-terminal / Anaerobic coproporphyrinogen-III oxidase / HemN C-terminal domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Layer, G. / Moser, J. / Heinz, D.W. / Jahn, D. / Schubert, W.-D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Coproporphyrinogen III Oxidase Reveals Cofactor Geometry of Radical Sam Enzymes
著者: Layer, G. / Moser, J. / Heinz, D.W. / Jahn, D. / Schubert, W.-D.
履歴
登録2003年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9304
ポリマ－52,7821
非ポリマー1,1493
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.036, 114.036, 76.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2090-

HOH

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要素

#1: タンパク質 OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE / COPROPORPHYRINOGENASE / COPROGEN OXIDASE


分子量: 52781.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P32131, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CARRIES OUT THE ANAEROBIC TRANSFORMATION OF COPROPORPHYRINOGEN-III INTO PROTOPORPHYRINOGEN-IX.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HANGING DROP: 5 MICROL PROTEIN + 5 MICROL RESEVOIR, PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.5, 3 MM DTT, 150 MM NACL, 0.01% (V/V) C8E4 RESEVOIR: 22% (W/V) PEG10000, 100 MM HEPES PH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21 mMSAM1drop
322 %PEG100001reservoir
4100 mMHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.742
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.742 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 1440548 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 34220 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 10.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.07→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.246 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 1735 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.155 32527 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.38 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3524 0 62 396 3982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.0214274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1091.9715851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01938843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4045539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3040.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.24811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1010.22510
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0880.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3040.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.52525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4124126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63831749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9134.51713
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.215 133
Rwork0.158 2334
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4623-5.2962-3.38613.73748.9087.891-0.3549-0.0188-0.23290.4860.21810.00020.34680.21530.13670.2104-0.0337-0.07510.36570.0590.266142.632554.632217.9823
20.8363-0.5993-0.08371.77640.09390.79030.00940.02650.1189-0.0226-0.015-0.2781-0.01530.22710.00560.00210.0097-0.0060.08540.00660.044725.399662.3739.0667
33.1313-0.42331.00454.73933.08074.5982-0.01010.0007-0.0964-0.03080.0672-0.41350.17110.5097-0.05710.155-0.0003-0.06450.4760.06580.42152.662262.29317.4329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 362
3X-RAY DIFFRACTION3A363 - 444
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 59440 / Num. reflection Rfree: 3170
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.215 / Rfactor Rwork: 0.158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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