PDB-1olp: Alpha Toxin from Clostridium Absonum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1olp

タイトル

Alpha Toxin from Clostridium Absonum

要素

ALPHA-TOXIN

キーワード

HYDROLASE / ZINC PHOSPHOLIPASE C / GAS GANGRENE DETERMINANT / MEMBRANE BINDING / CALCIUM BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / toxin activity / killing of cells of another organism / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM SARDINIENSE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Briggs, D.C. / Basak, A.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Clostridium Absonum Alpha-Toxin: New Insights Into Clostridial Phospholipase C Substrate Binding and Specificity
著者: Clark, G. / Briggs, D.C. / Karasawa, T. / Wang, X. / Cole, A. / Maegawa, T. / Jayasekera, P. / Naylor, C. / Miller, J. / Moss, D. / Nakamura, S. / Basak, A.K. / Titball, R.

履歴

登録	2003年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月5日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1olp.cif.gz	305.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1olp.ent.gz	249 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1olp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ca1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uib-d 2yg5-d 3o2m-1 2wxu-d 6ky3-d 3o2m-2 2b9f-d 2gmx-1 2no3-1 2h96-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-TOXIN

B: ALPHA-TOXIN

C: ALPHA-TOXIN

D: ALPHA-TOXIN

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA-TOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ALPHA-TOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ALPHA-TOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ALPHA-TOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.956, 193.592, 92.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.07531, -0.99655, -0.03482), (-0.99716, -0.07523, -0.00361), (0.00098, 0.03499, -0.99939)	56.97738, 59.28033, 137.35834
2	given	(-0.10368, 0.80299, 0.5869), (-0.76618, -0.44074, 0.46767), (0.6342, -0.40119, 0.66094)	-4.36955, 21.49468, -29.45985
3	given	(0.13296, 0.88791, 0.44038), (-0.53496, 0.43833, -0.72228), (-0.83435, -0.13955, 0.53328)	4.5218, 93.1437, 71.55604

#1: タンパク質	ALPHA-TOXIN 分子量: 42753.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SARDINIENSE (バクテリア) 解説: CLOSTRIDIUM ABSONUM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GCY3, phospholipase C
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %

結晶化

pH: 5.5
詳細: 100MM NA-CITRATE 5.6, 30% PEG 4000,200MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.50

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.0
3	100 mM	sodium citrate	1	reservoir	pH5.6
4	30 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
5	200 mM	ammonium acetate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.784 Å / Num. obs: 53292 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 90
反射	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 56134 / Num. measured all: 623268 / R_merge(I) obs*: 0.062
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs*: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		モデル構築
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS		位相決定
COMO		位相決定
AMoRE		位相決定
EPMR		位相決定
XFIT		位相決定
O		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CA1 WITH LOOPS OMITTED

1ca1

解像度: 2.5→29.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 8.818 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.786 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED RESIDUES/ATOMS WERE OMITTED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	2840	5.1 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.181	53292	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11910	0	20	362	12292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	12253
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.91	16669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.819	3	23389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.156	5	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	11246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.106	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.577	1.5	7319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.087	2	11723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.273	3	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.107	4.5	4946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.313	186
R_work	0.217	3527

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.233 / R_factor R_work: 0.169

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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