PDB-1oki: Crystal structure of truncated human beta-B1-crystallin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oki

タイトル

Crystal structure of truncated human beta-B1-crystallin

要素

BETA CRYSTALLIN B1

キーワード

EYE LENS PROTEIN / CRYSTALLIN / CATARACT

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

van Montfort, R.L.M. / Bateman, O.A. / Lubsen, N.H. / Slingsby, C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Truncated Human Beta-B1-Crystallin
著者: Van Montfort, R.L.M. / Bateman, O.A. / Lubsen, N.H. / Slingsby, C.

履歴

登録	2003年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2018年3月28日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: audit_author / entity_src_gen Item: _audit_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._audit_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oki.cif.gz	96.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oki.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/1oki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/1oki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bb2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4twc-1 6kjz-1 4hzv-d 5tkb-4 6ibf-1 6fta-4 3w5e-2 6ibf-2 5g2b-1 3sl4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: BETA CRYSTALLIN B1

B: BETA CRYSTALLIN B1

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.040, 45.040, 171.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0001, -1, -0.0003), (-1, 0.0001, 0.0001), (-0.0001, 0.0003, -1)
ベクター: 67.5623, 67.5594, 12.9483)

#1: タンパク質	BETA CRYSTALLIN B1 分子量: 24252.088 Da / 分子数: 2 / 断片: CRYSTALLIN DOMAINS, RESIDUES 42-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: EYE LENS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53674
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CRYSTALLINS FORM THE DOMINANT STRUCTURAL COMPONENTS OF THE VERTEBRATE EYE LENS. THE PROTEIN EXISTS ...CRYSTALLINS FORM THE DOMINANT STRUCTURAL COMPONENTS OF THE VERTEBRATE EYE LENS. THE PROTEIN EXISTS AS DIMERIC OR HIGHER OLIGOMERIC FORMS.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31 %

結晶化

pH: 8.5
詳細: 24-30% PEG4000, 0.1M TRIS/HCL PH 7.0-8.5, 0.2M MGCL2

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: batch method / 詳細: Bateman, O.A., (2001) Exp. Eye Res., 73, 321.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	25 mM	Tris-HCl	1	1	pH8.0
2	1 mM	dithiothreitol	1	1
3	10 mg/ml	protein	1	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→35 Å / Num. obs: 60531 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 8.9
反射	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Num. measured all: 315295 / R_merge(I) obs*: 0.043

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.29	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BB2

2bb2

解像度: 1.4→45.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.26 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. INITIAL DATASET PROCESSED IN P43212. TYR130 AT THE CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD CLASHED WITH TYR130 OF A SYMMETRY RELATED MOLECULE. AS MOLECULE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	2902	5 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.172	55136	87.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3039	0	0	423	3462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.916	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.782	3	6268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.852	5	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.084	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.281	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.557	5	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.499	6	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.727	6	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.17	7.5	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.281	161
R_work	0.254	3332

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.4 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.211 / R_factor R_work: 0.186

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.87

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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