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- PDB-1okc: structure of mitochondrial ADP/ATP carrier in complex with carbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1okc
タイトルstructure of mitochondrial ADP/ATP carrier in complex with carboxyatractyloside
要素ADP, ATP CARRIER PROTEIN HEART ISOFORM T1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MITOCHONDRIAL TRANSPORTER / NUCLEOTIDE TRANSLOCATION / MEMBRANE PROTEIN / CARRIER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial Uncoupling / ATP:ADP antiporter activity / ADP transport / mitochondrial ADP transmembrane transport / oxidative phosphorylation uncoupler activity / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / mitochondrial ATP transmembrane transport / adaptive thermogenesis / Mitochondrial protein import / positive regulation of mitophagy ...Mitochondrial Uncoupling / ATP:ADP antiporter activity / ADP transport / mitochondrial ADP transmembrane transport / oxidative phosphorylation uncoupler activity / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / mitochondrial ATP transmembrane transport / adaptive thermogenesis / Mitochondrial protein import / positive regulation of mitophagy / mitochondrial permeability transition pore complex / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane permeability / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial carrier fold / Mitochondrial carrier domain / ADP/ATP carrier protein, eukaryotic type / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / Carboxyatractyloside / 3-LAURYLAMIDO-N,N'-DIMETHYLPROPYLAMINOXYDE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ADP/ATP translocase 1
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pebay-Peyroula, E. / Dahout-Gonzalez, C. / Kahn, R. / Trezeguet, V. / Lauquin, G.J.-M. / Brandolin, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Structure of Mitochondrial Adp/ATP Carrier in Complex with Carboxyatractyloside
著者: Pebay-Peyroula, E. / Dahout-Gonzalez, C. / Kahn, R. / Trezeguet, V. / Lauquin, G.J.-M. / Brandolin, G.
履歴
登録2003年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX THE OVERALL STRUCTURE CONSISTS OF SIX TRANSMEMBRANE HELICES, MADE UP BY RESIDUES 3-38, 72- ... HELIX THE OVERALL STRUCTURE CONSISTS OF SIX TRANSMEMBRANE HELICES, MADE UP BY RESIDUES 3-38, 72-100, 107-143, 175-200, 208-239 AND 272-291. THERE ARE THREE HELICES ON THE MATRIX SIDE MADE UP BY RESIDUES 52-65, 155-168 AND 252-265.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP, ATP CARRIER PROTEIN HEART ISOFORM T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,80411
ポリマ－32,8791
非ポリマー8,92410
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.437, 83.463, 49.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ADP, ATP CARRIER PROTEIN HEART ISOFORM T1 / ADP/ATP TRANSLOCASE 1 / ADENINE NUCLEOTIDE TRANSLOCATOR 1 / ANT 1


分子量: 32879.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P02722

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非ポリマー , 5種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-CXT / Carboxyatractyloside / 15α-ヒドロキシ-2β-[[2-O-(3-メチル-1-オキソブチル)-3-O,4-O-ジスルホ-β-D-グルコピラノ(以下略)


分子量: 770.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O18S2
#3: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-LDM / 3-LAURYLAMIDO-N,N'-DIMETHYLPROPYLAMINOXYDE / [3-(DODECANOYLAMINO)PROPYL](HYDROXY)DIMETHYLAMMONIUM / 3-(ラウロイルアミノ)プロピルジメチルアミンN-オキシド


分子量: 300.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36N2O2
#5: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CATALYZES THE EXCHANGE OF ADP AND ATP ACROSS THE MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE. MEMBER OF THE ...CATALYZES THE EXCHANGE OF ADP AND ATP ACROSS THE MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE. MEMBER OF THE MITOCHONDRIAL CARRIER FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
解説: HEAVY ATOM DERIVATIVE DATA SETS WERE COLLECTED ON BEAMLINE BM30A AT ESRF
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 30% JEFFAMINE600, 5MM NA CITRATE, 100MM TRIS PH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
128-32 %Jeffamine-M6001reservoir
220 mM1reservoirNiSO4
3100 mMHEPES1reservoirpH7.0
410 mg/mlprotein1drop
55 mM1dropNaClor 100mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.72
検出器日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 18544 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1354044.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 894 4.8 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 18544 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.7225 Å2 / ksol: 0.344655 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.63 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----4.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 349 83 2686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 151 5 %
Rwork0.234 2885 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CAT-NEW4.PARCAT-NEW4.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CDL-ENTIER.PARCDL-ENTIER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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