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万見
- PDB-1ojg: Sensory domain of the membraneous two-component fumarate sensor D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ojg
タイトルSensory domain of the membraneous two-component fumarate sensor DcuS of E. coli
要素SENSOR PROTEIN DCUS
キーワードTRANSFERASE / FUMARATE / DCUS / HISTIDINE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction => GO:0007165 / protein histidine kinase complex / plasma membrane => GO:0005886 / protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / membrane => GO:0016020 / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation ...signal transduction => GO:0007165 / protein histidine kinase complex / plasma membrane => GO:0005886 / protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / membrane => GO:0016020 / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor histidine kinase DcuS / Sensor histidine kinase DcuS
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Pappalardo, L. / Janausch, I.G. / Vijayan, V. / Zientz, E. / Junker, J. / Peti, W. / Zweckstetter, M. / Unden, G. / Griesinger, C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: The NMR structure of the sensory domain of the membranous two-component fumarate sensor (histidine protein kinase) DcuS of Escherichia coli.
著者: Pappalardo, L. / Janausch, I.G. / Vijayan, V. / Zientz, E. / Junker, J. / Peti, W. / Zweckstetter, M. / Unden, G. / Griesinger, C.
履歴
登録2003年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _struct.title
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SENSOR PROTEIN DCUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0991
ポリマ－15,0991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 SENSOR PROTEIN DCUS / DCUS


分子量: 15099.130 Da / 分子数: 1 / 断片: FUMARATE SENSORY DOMAIN, RESIDUES 45-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: PMW145 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P39272, UniProt: P0AEC8*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC
121NOESY-HSQC
131TOCSY-HSQC
141HSQC-NOESY-HSQC
151HNCO
161CBCA(CO)NH
171HN(CA)CB
181CC(CO)NH
191HBHA(CO)NH
1101(H)CCH-COSY
1111(H)CCH-ADIABATIC TOCSY

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX7002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHBRUNGER, CLORE, TJ精密化
XwinNMR構造決定
XEASY構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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