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- PDB-1oj1: Nonproductive and Novel Binding Modes in Cytotoxic Ribonucleases ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oj1
タイトルNonproductive and Novel Binding Modes in Cytotoxic Ribonucleases from Rana catesbeiana of Two Crystal Structures Complexed with (2,5 CpG) and d(ApCpGpA)
要素RC-RNASE6 RIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / CYTOTOXIC RIBONUCLEASES / ANTI-TUMOR ACTIVITY / SIALIC BINDING AND NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDYL-2'-5'-PHOSPHO-GUANOSINE / RC-RNase6 ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種RANA CATESBEIANA (カエル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tsai, C.-J. / Liu, J.-H. / Liao, Y.-D. / Chen, L.-y. / Cheng, P.-T. / Sun, Y.-J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Nonproductive and Novel Binding Modes in Cytotoxic Ribonucleases from Rana Catesbeiana of Two Crystal Structures Complexed with C(2,5 Cpg) and D(Apcpgpa)
著者: Tsai, C.-J. / Liu, J.-H. / Liao, Y.-D. / Chen, L.-Y. / Cheng, P.-T. / Sun, Y.-J.
履歴
登録2003年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_conn
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年3月11日Group: Other / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RC-RNASE6 RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8703
ポリマ－12,1851
非ポリマー6842
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.800, 61.800, 65.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 RC-RNASE6 RIBONUCLEASE


分子量: 12185.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RANA CATESBEIANA (カエル) / 器官: OOCYTES / 参照: UniProt: Q9DFY5
#2: 化合物 ChemComp-CG2 / CYTIDYL-2'-5'-PHOSPHO-GUANOSINE / 5′-グアニル酸2′-シチジル


分子量: 588.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N8O12P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRIE
放射モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 53962 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 6.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.045 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ONC

1onc


解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 722 10.6 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 6785 86.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 67.3609 Å2 / ksol: 0.39614 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.62 Å20 Å20 Å2
2--5.62 Å20 Å2
3---11.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数848 0 45 107 1000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 102 11.3 %
Rwork0.209 804 -
obs--71 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CPG_NOH.PARAMCPG_NOH.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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