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- PDB-1oio: GafD (F17c-type) Fimbrial adhesin from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oio
タイトルGafD (F17c-type) Fimbrial adhesin from Escherichia coli
要素FIMBRIAL LECTIN
キーワードLECTIN / ADHESIN / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE BINDING / GLCNAC BINDING LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to host / pilus / : / carbohydrate binding / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Bacterial adhesins - F17c-type / Fimbrial adhesin F17-AG, lectin domain / Fimbrial adhesin F17-AG, lectin domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F17g-G fimbrial adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Merckel, M.C. / Tanskanen, J. / Edelman, S. / Westerlund-Wikstrom, B. / Korhonen, T.K. / Goldman, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Structural Basis of Receptor-Binding by Escherichia Coli Associated with Diarrhea and Septicemia
著者: Merckel, M.C. / Tanskanen, J. / Edelman, S. / Westerlund-Wikstrom, B. / Korhonen, T.K. / Goldman, A.
履歴
登録2003年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIMBRIAL LECTIN
B: FIMBRIAL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0556
ポリマ－38,1702
非ポリマー8854
水4,252236
1
A: FIMBRIAL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5273
ポリマ－19,0851
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: FIMBRIAL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5273
ポリマ－19,0851
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.990, 70.470, 56.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FIMBRIAL LECTIN / GAFD


分子量: 19085.053 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 23-200 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2 NAG (GLCNAC) MOLECULES PER MONOMER DISULPHIDE BETWEEN C53 AND C110
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: ETEC STRAINS / 解説: RESIDUES 1-178 / プラスミド: PGAFD(1-178) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47341
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 6000 100 MM HEPES PH 7.5, 5% MPD, 5% GLCNAC
結晶化
*PLUS
温度: 4. ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 %(w/v)PEG60001reservoir
2100 mMHEPES1reservoirpH7.5
35 %(v/v)MPD1reservoir
410-30 mg/mlprotein1drop
55 %(w/v)GlcNAc1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 84352 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 42.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. measured all: 155927
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 42.8 % / Num. unique obs: 2231 / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1159682.64 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 6186 9.7 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 63688 90.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.8953 Å2 / ksol: 0.366044 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å22.46 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2684 0 60 236 2980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 981 10.1 %
Rwork0.239 8726 -
obs--82.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 500 Å / Num. reflection all: 63688 / Num. reflection obs: 57502
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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