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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oi6 | ||||||
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タイトル | Structure determination of the TMP-complex of EvaD | ||||||
![]() | PCZA361.16 | ||||||
![]() | ISOMERASE / EPIMERASE / VANCOMYCIN GROUP ANTIBIOTIC / EVAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merkel, A.B. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Position of a Key Tyrosine in Dtdp-4-Keto-6-Deoxy-D-Glucose-5-Epimerase (Evad) Alters the Substrate Profile for This Rmlc-Like Enzyme 著者: Merkel, A.B. / Major, L.L. / Errey, J.C. / Burkart, M.D. / Field, R.A. / Walsh, C.T. / Naismith, J.H. #1: ![]() タイトル: Purification, Crystallisation and Preliminary Structural Studies of Dtdp-4-Keto-6-Deoxy-Glucose-5-Epimerase (Evad) from Amycolatpsis Orientalis; the Fourth Enzyme in the Dtdp-L-Epivancosamine Pathway 著者: Merkel, A.B. / Temple, G.K. / Burkhart, M. / Beis, K. / Walsh, C.T. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ofnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22511.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCZA361(AJ223998) / プラスミド: PET24 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG4K, 100MM MGCL2, 100MM TRIS-HCL, PH8.0, SITTING DROP, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月29日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→34.1 Å / Num. obs: 80059 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OFN 解像度: 1.4→34.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.731 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.1 Å
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拘束条件 |
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