PDB-1oi2: X-ray structure of the dihydroxyacetone kinase from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oi2

タイトル

X-ray structure of the dihydroxyacetone kinase from Escherichia coli

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN YCGT

キーワード

KINASE / DIHYDROXYACETONE KINASE / YCGT

機能・相同性

機能・相同性情報

monosaccharide catabolic process / glycerol to glycerone phosphate metabolic process / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / ketone catabolic process / glycerone kinase activity / carbohydrate phosphorylation / transferase complex / glycerol catabolic process / pyruvate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Siebold, C. / Garcia-Alles, L.-F. / Erni, B. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: A Mechanism of Covalent Substrate Binding in the X-Ray Structure of Subunit K of the Escherichia Coli Dihydroxyacetone Kinase
著者: Siebold, C. / Garcia-Alles, L.-F. / Erni, B. / Baumann, U.

履歴

登録	2003年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oi2.cif.gz	147.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oi2.ent.gz	116.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oi3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uoe-d 1oi3-d 1uod-d 3pnq-1 3pnm-1 3pnm-2 3pnq-2 6z9b-d 5wr1-d 6eq1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN YCGT

B: HYPOTHETICAL PROTEIN YCGT

ヘテロ分子

79.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.509, 97.408, 85.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	CYS	CYS	A	A	20 - 204	20 - 204
2	1	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	20 - 204	20 - 204
1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	218 - 368	216 - 366
2	2	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	218 - 368	216 - 366

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99962, -0.02733, 0.00426), (-0.02735, 0.99962, -0.00356), (-0.00416, -0.00367, -0.99998)
ベクター: 164.82719, 2.59917, 129.23039)

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN YCGT / DIHYDROXYACETONE KINASE 分子量: 39532.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENTLY BOUND DIHYDROXYACETONE / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WA2127 / 参照: UniProt: P76015, glycerone kinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %

結晶化

pH: 5 / 詳細: pH 5.00

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	80 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH5.0
2	160 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
3	17 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
4	15 %(w/v)	MPD	1	reservoir
5	30 mg/ml	protein	1	drop
6	5 %(w/v)	HEPES	1	drop	pH7.5
7	2 mM	dithiothreitol	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 78957 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / R_merge(I) obs: 0.172 / % possible all: 97.5
反射	PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs*: 0.046
反射シェル	PLUS % possible obs: 97.5 % / R_merge(I) obs*: 0.172

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.75→24.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	2157	2.7 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.172	76798	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5042	0	22	491	5555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.968	6954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.763	5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	3880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.557	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.244	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.986	2.5	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.096	3.5	5266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.641	3.5	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.49	4.5	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1324	medium positional	0.12	0.5
2	1189	medium positional	0.15	0.5
1	1324	medium thermal	1.13	2
2	1189	medium thermal	1.39	2

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 25 /

	R_factor	反射数
R_free	0.293	98
R_work	0.253	4630

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5244	0.0064	-0.1451	0.0247	0.0043	0.7728	0.0325	0.047	-0.007	-0.016	-0.0227	0.0035	-0.0235	-0.1048	-0.0098	0.009	0.0138	-0.0088	0.0453	0	0.0163	63.33	18.004	58.591
2	0.4095	-0.0527	-0.2279	-0.0253	0.0959	0.5311	0.0246	-0.0834	0.0185	-0.0051	0.0163	-0.0079	-0.0323	0.0913	-0.0409	0.0104	-0.0104	-0.0016	0.0572	-0.0168	0.0182	101.298	18.646	70.319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 368
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 368

精密化

*PLUS

最低解像度: 25 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_work: 0.1715

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.618

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)