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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ogd | ||||||
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タイトル | The Structure of Bacillus subtilis RbsD complexed with D-ribose | ||||||
要素 | HIGH AFFINITY RIBOSE TRANSPORT PROTEIN RBSD | ||||||
キーワード | TRANSPORT / RIBOSE / SUGAR TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intramolecular transferase activity / D-ribose pyranase / D-ribose pyranase activity / intramolecular lyase activity / D-ribose catabolic process / monosaccharide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, M.-S. / Oh, B.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structures of Rbsd Leading to the Identification of Cytoplasmic Sugar-Binding Proteins with a Novel Folding Architecture 著者: Kim, M.-S. / Shin, J. / Lee, W. / Lee, H.-S. / Oh, B.-H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ogd.cif.gz | 134.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ogd.ent.gz | 108.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ogd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ogd_validation.pdf.gz | 404.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ogd_full_validation.pdf.gz | 409.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ogd_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ogd_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/1ogd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/1ogd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14244.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: D-RIBOSE / 由来: (天然) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: UniProt: P36946 #2: 化合物 | #3: 糖 | ChemComp-RIP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | RBSD IS INVOLVED IN THE HIGH-AFFINITY RIBOSE MEMBRANE TRANSPORT SYSTEM. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 62406 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 295120 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.8 % / Rmerge(I) obs: 0.362 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.95→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |