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万見
- PDB-1oeb: Mona/Gads SH3C domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oeb
タイトルMona/Gads SH3C domain
要素
  • GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
  • LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2
キーワードPROTEIN BINDING / SH3 DOMAIN-COMPLEX / SH3 / SLP-76 / DIMER / MONA / GADS / SIGNAL TRANDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


TCR signalosome / FLT3 Signaling / Co-stimulation by CD28 / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / mast cell activation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / DAP12 signaling ...TCR signalosome / FLT3 Signaling / Co-stimulation by CD28 / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / mast cell activation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / DAP12 signaling / plasma membrane raft / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / endosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRAP2, C-terminal SH3 domain / : / Grb2-like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 Domains / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 domain / SH2 domain ...GRAP2, C-terminal SH3 domain / : / Grb2-like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 Domains / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GRB2-related adaptor protein 2 / Lymphocyte cytosolic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Harkiolaki, M. / Lewitzky, M. / Gilbert, R.J.C. / Jones, E.Y. / Bourette, R.P. / Mouchiroud, G. / Sondermann, H. / Moarefi, I. / Feller, S.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for SH3 Domain-Mediated High-Affinity Binding between Mona/Gads and Slp-76
著者: Harkiolaki, M. / Lewitzky, M. / Gilbert, R.J.C. / Jones, E.Y. / Bourette, R.P. / Mouchiroud, G. / Sondermann, H. / Moarefi, I. / Feller, S.M.
履歴
登録2003年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
B: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
C: LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2
D: LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0525
ポリマ－16,9394
非ポリマー1121
水4,288238
1
A: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
D: LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5823
ポリマ－8,4702
非ポリマー1121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
C: LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4702
ポリマ－8,4702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)28.691, 72.072, 34.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRPPROPRO2AA3 - 557 - 59
21TRPTRPPROPRO2BB3 - 557 - 59
12ALAALALEULEU4CC2 - 132 - 13
22ALAALALEULEU4DD2 - 132 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99919, 0.03727, -0.01508), (-0.03854, -0.99437, 0.09499), (-0.01146, 0.09549, 0.99536)4.09705, 6.12949, -0.31041
2given(-0.99876, 0.04884, 0.00968), (0.04954, -0.99419, 0.09556), (0.00496, 0.09592, 0.99538)4.09731, 5.6547, -0.52231

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要素

#1: タンパク質 GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2 / GADS PROTEIN / GROWTH FACTOR RECEPTOR PROTEIN / GRBLG / GRF40 ADAPTOR PROTEIN / GRF-40 / GRB-2-LIKE ...GADS PROTEIN / GROWTH FACTOR RECEPTOR PROTEIN / GRBLG / GRF40 ADAPTOR PROTEIN / GRF-40 / GRB-2-LIKE PROTEIN / GRB2L / GRBX / P38 / HEMATOPOIETIC CELL-ASSOCIATED ADAPTOR PROTEIN GRPL / ADAPTER PROTEIN GRID / SH3-SH2-SH3 ADAPTOR MONA


分子量: 7088.970 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3C DOMAIN, RESIDUES 265-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THROMBIN CLEAVAGE OVERHANG BETWEEN A-4 AND A-1 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O89100
#2: タンパク質・ペプチド LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2 / SH2 DOMAIN-CONTAINING LEUCOCYTE PROTEIN OF 76 KDA / SLP-76 TYROSINE PHOSPHOPROTEIN / SLP76


分子量: 1380.589 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEIN INTERACTION PEPTIDE, RESIDUES 231-243 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q60787
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GADS/MONA:INTERACTS WITH SLP-76 TO REGULATE NF-AT ACTIVATION. SLP-76:INVOLVED IN T CELL ANTIGEN ...GADS/MONA:INTERACTS WITH SLP-76 TO REGULATE NF-AT ACTIVATION. SLP-76:INVOLVED IN T CELL ANTIGEN RECEPTOR MEDIATED SIGNALING
配列の詳細SELENOMETHIONYL MONA/GADS SH3C WAS PRODUCED IN BL21(DE3) CELLS BY INHIBITION OF ENDOGENOUS ...SELENOMETHIONYL MONA/GADS SH3C WAS PRODUCED IN BL21(DE3) CELLS BY INHIBITION OF ENDOGENOUS METHIONINE PRODUCTION AND SUPPLEMENTATION WITH SELENOMETHIONINE THROUGH THE MEDIUM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
解説: MAD DATA COLLECTED AT SELENIUM PEAK, INFLECTION AND HIGH ENERGY REMOTE WAVELENGTHS. DATA STATISTICS REFLECT THE PEAK WAVELENGTH.
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM: 20% PEG4000, 5 MM CDCL2,50 MM NA CACODYLATE PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 %PEG40001reservoir
25 mM1reservoirCdCl2
350 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→36 Å / Num. obs: 15317 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 81.4
反射
*PLUS
最低解像度: 36 Å / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 99470
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.76→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 3.097 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 652 4.9 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 12567 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1098 0 1 238 1337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211130
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.9551537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0675133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.20.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9381.5690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.721104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8653440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3684.5433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A212tight positional0.090.05
1A218medium positional0.390.5
2C89medium positional0.250.5
1A212tight thermal0.440.5
1A218medium thermal1.282
2C89medium thermal1.32
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 39
Rwork0.253 895
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 36.04 Å / Num. reflection obs: 13807 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2194 / Rfactor Rwork: 0.1786
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.0120.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.3751.955
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr4.8275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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