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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oe4 | ||||||
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タイトル | Xenopus SMUG1, an anti-mutator uracil-DNA Glycosylase | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / HYDROLASE / DNA GLYCOSYLASE / SINGLE STRANDED | ||||||
機能・相同性 | ![]() single-strand selective uracil DNA N-glycosylase activity / oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / base-excision repair / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wibley, J.E.A. / Pearl, L.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Specificity of the Vertebrate Anti-Mutator Uracil-DNA Glycosylase Smug1 著者: Wibley, J.E.A. / Waters, T.R. / Haushalter, K. / Verdine, G.L. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 27746.051 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-247 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9YGN6, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#2: DNA鎖 | 分子量: 3639.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3579.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 680分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-IPA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUE 3DR IN CHAIN F IS THE RESULT OF DEGLYCOSYL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8 / PH range high: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 48465 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 69 Å / Num. obs: 48502 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.113 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.289 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→67.42 Å
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拘束条件 |
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