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- PDB-1ods: Cephalosporin C deacetylase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ods
タイトルCephalosporin C deacetylase from Bacillus subtilis
要素CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / ACETYLXYLAN / CARBOHYDRATE ESTERASE / CEPHALOSPORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cephalosporin-C deacetylase / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cephalosporin-C deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vincent, F. / Charnock, S.J. / Verschueren, K.H.G. / Turkenburg, J.P. / Scott, D.J. / Offen, W.A. / Roberts, S. / Pell, G. / Gilbert, H.J. / Brannigan, J.A. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Multifunctional Xylooligosaccharide/Cephalosporin C Deacetylase Revealed by the Hexameric Structure of the Bacillus Subtilis Enzyme at 1.9A Resolution
著者: Vincent, F. / Charnock, S.J. / Verschueren, K.H.G. / Turkenburg, J.P. / Scott, D.J. / Offen, W.A. / Roberts, S. / Pell, G. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. / Brannigan, J.A.
履歴
登録2003年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
B: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
C: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
D: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
E: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
F: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
G: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
H: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,50518
ポリマ－287,1738
非ポリマー33210
水37,0212055
1
A: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
B: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子

A: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
B: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子

A: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
B: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,73818
ポリマ－215,3796
非ポリマー35912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
2
C: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
D: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
E: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
F: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
G: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
H: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,59212
ポリマ－215,3796
非ポリマー2136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)315.215, 315.215, 68.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.992, 0.127, 0.008), (0.127, -0.992, -0.003), (0.007, 0.004, -1)-10.29182, 161.16939, -1.11268
2given(-0.573, 0.816, -0.075), (-0.816, -0.559, 0.149), (0.08, 0.146, 0.986)0.98422, 2.34728, -0.01626
3given(-0.467, -0.881, 0.074), (-0.879, 0.453, -0.151), (0.1, -0.135, -0.986)2.42255, 1.48908, 0.13497
4given(-0.52953, 0.84474, 0.07755), (0.83168, 0.53499, -0.14864), (-0.16705, -0.01421, -0.98585)84.68312, -134.53432, 51.24715
5given(-0.41962, -0.90451, -0.07605), (0.89155, -0.42644, 0.15259), (-0.17045, -0.00377, 0.98536)226.47522, -56.56386, 50.60589
6given(0.99328, 0.09095, -0.07163), (-0.07902, 0.98481, 0.1546), (0.08461, -0.1479, 0.98538)-86.64191, -32.08704, 23.30945
7given(0.99586, 0.03973, 0.08172), (0.05176, -0.9872, -0.15086), (0.07468, 0.15446, -0.98517)-82.40652, 126.90166, -2.06212

-
要素

#1: タンパク質
CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE / MULTI-FUNCTIONAL ESTERASE / CAH


分子量: 35896.566 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P94388, cephalosporin-C deacetylase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2055 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 46 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 mg/mlprotein1drop
230 %(v/v)MPD1reservoir
30.1 M1reservoirMgCl2
40.1 MMOPS1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9786, 0.9786, 0.9184, 0.908
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.91841
30.9081
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 199895 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 15 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 4.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→100 Å / SU B: 3.025 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.124
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18611 10036 5 %RANDOM
Rwork0.15215 ---
obs0.15387 189201 99.67 %-
原子変位パラメータBiso mean: 9.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20200 0 10 2055 22265
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.186 / Rfactor Rwork: 0.154
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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