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- PDB-1odq: PEPTIDE OF HUMAN APOA-I RESIDUES 166-185. NMR, 5 STRUCTURES AT PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1odq
タイトルPEPTIDE OF HUMAN APOA-I RESIDUES 166-185. NMR, 5 STRUCTURES AT PH 3.7, 37 DEGREES CELSIUS AND PEPTIDE:SDS MOLE RATIO OF 1:40
要素APOA-I PEPTIDE
キーワードLIPID TRANSPORT / APOLIPOPROTEIN A-I / COFACTOR FOR LCAT ACTIVATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / Scavenging by Class B Receptors / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport ...Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / Scavenging by Class B Receptors / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport / blood vessel endothelial cell migration / cholesterol import / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / apolipoprotein A-I receptor binding / ABC transporters in lipid homeostasis / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of cell adhesion molecule production / HDL assembly / negative regulation of cytokine production involved in immune response / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / glucocorticoid metabolic process / acylglycerol homeostasis / phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid efflux / chylomicron / high-density lipoprotein particle remodeling / reverse cholesterol transport / positive regulation of cholesterol metabolic process / lipid storage / high-density lipoprotein particle assembly / phospholipid homeostasis / chemorepellent activity / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / endothelial cell proliferation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / HDL remodeling / cholesterol efflux / adrenal gland development / Scavenging by Class A Receptors / triglyceride homeostasis / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative chemotaxis / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / amyloid-beta formation / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of cholesterol efflux / endocytic vesicle / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Scavenging of heme from plasma / Retinoid metabolism and transport / cholesterol metabolic process / positive regulation of stress fiber assembly / heat shock protein binding / endocytic vesicle lumen / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / cholesterol homeostasis / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / Heme signaling / PPARA activates gene expression / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / amyloid-beta binding / extracellular vesicle / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / blood microparticle / early endosome / protein stabilization / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / receptor ligand activity / signaling receptor binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein A-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Wang, G. / Treleaven, W.D. / Cushley, R.J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1996
タイトル: Conformation of human serum apolipoprotein A-I(166-185) in the presence of sodium dodecyl sulfate or dodecylphosphocholine by 1H-NMR and CD. Evidence for specific peptide-SDS interactions.
著者: Wang, G. / Treleaven, W.D. / Cushley, R.J.
履歴
登録1996年3月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOA-I PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3371
ポリマ－2,3371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 20MOST CLOSELY RESEMBLING THE AVERAGE STRUCTURE OF OF A CALCULATED SET OF 20 CONFORMERS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド APOA-I PEPTIDE / APOA-I (166 - 185) / APOLIPOPROTEIN A-I (166 - 185)


分子量: 2336.605 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 166 - 185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02647

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 3.7 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software
名称開発者分類
DGIIHAVEL精密化
DiscoverBIOSYM TECHNOLOGIES, INC.精密化
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MOST CLOSELY RESEMBLING THE AVERAGE STRUCTURE OF OF A CALCULATED SET OF 20 CONFORMERS
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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