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- PDB-1odh: Structure of the GCM domain bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1odh
タイトルStructure of the GCM domain bound to DNA
要素
  • 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*TP *GP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP *TP*CP*G)-3'
  • MGCM1
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA-BINDING DOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


astrocyte fate commitment / positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / syncytium formation by plasma membrane fusion / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / gliogenesis / histone deacetylase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex ...astrocyte fate commitment / positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / syncytium formation by plasma membrane fusion / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / gliogenesis / histone deacetylase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
GCM domain, large subdomain / GCM motif / Transcription regulator GCM domain / GCM domain superfamily / Chorion-specific transcription factor GCM / GCM domain, large subdomain / GCM, small domain / GCM motif protein / GCM domain profile. / N-terminal domain of TfIIb ...GCM domain, large subdomain / GCM motif / Transcription regulator GCM domain / GCM domain superfamily / Chorion-specific transcription factor GCM / GCM domain, large subdomain / GCM, small domain / GCM motif protein / GCM domain profile. / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chorion-specific transcription factor GCMa
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Cohen, S.X. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Gcm Domain-DNA Complex: A DNA-Binding Domain with a Novel Fold and Mode of Target Site Recognition
著者: Cohen, S.X. / Moulin, M. / Hashemolhosseini, S. / Kilian, K. / Wegner, M. / Muller, C.W.
履歴
登録2003年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MGCM1
C: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*TP *GP*CP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP *TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5395
ポリマ－28,4083
非ポリマー1312
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.810, 52.910, 62.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE TRIMERIC ASSEMBLY DESCRIBED BELOW IS MADE UP BYA PROTEIN MONOMER BOUND TO A DNA DUPLEX.

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要素

#1: タンパク質 MGCM1 / MURINE GCMA (GLIA CELL MISSING) TRANSCRIPTION FACTOR GCM1


分子量: 20463.223 Da / 分子数: 1 / 断片: GCM DOMAIN, RESIDUES 1-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZN-CONTAINING DNA-BINDING DOMAIN / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P70348
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*GP*GP*TP *GP*CP*A)-3' / DNA OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 4032.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA TARGET SITE OF THE GCM DOMAIN
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP *TP*CP*G)-3' / DNA OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 3912.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA TARGET SITE OF THE GCM DOMAIN
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
113 mg/mlprotein1drop
2200 mM1dropNaCl
320 mMTris1droppH7.9
410 mMdithiothreitol1drop
516-20 %PEG60001reservoir
6100 mMMES1reservoirpH6.0, or 100mM sodium citrate-citric acid pH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 18243 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 133.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 95.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.282

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.85→19.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 462777.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: N-TERMINAL RESIDUES 1-13 AND C- TERMINAL RESIDUES 172-174 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 516 8.3 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 6230 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.7922 Å2 / ksol: 0.315059 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.29 Å20 Å26.8 Å2
2--23.39 Å20 Å2
3----5.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1277 527 2 4 1810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.762.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.074 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.627 71 7 %
Rwork0.424 938 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_PROTIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 8.1 % / Rfactor Rfree: 0.283 / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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