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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ocl | ||||||||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF MALONAMIDASE E2 COMPLEXED WITH MALONATE FROM BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM | ||||||||||||
要素 | MALONAMIDASE E2 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / AMIDASE / MALONAMIDASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shin, S. / Ha, N.-C. / Lee, T.-H. / Oh, B.-H. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Characterization of a Novel Ser-Cisser-Lys Catalytic Triad in Comparison with the Classical Ser-His-Asp Triad. 著者: Shin, S. / Yun, Y.S. / Koo, H.M. / Kim, Y.S. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ocl.cif.gz | 171.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ocl.ent.gz | 135.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ocl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ocl_validation.pdf.gz | 393.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ocl_full_validation.pdf.gz | 412.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ocl_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ocl_validation.cif.gz | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/1ocl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/1ocl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1o9nC 1o9oC 1o9pC 1o9qC 1obiC 1objC 1obkC 1oblC 1ochC 1ockC 1ocmC 1gr8 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43591.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CIS PEPTIDE BOND BETWEEN GLY 130 AND SER 131 / 由来: (組換発現) BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌) / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494 (DE3) / 参照: UniProt: Q9ZIV5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 20% PEG1000, 0.1M TRIS-HCL PH7.0, 15MM MALONATE, pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 48851 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 28.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Rsym value: 0.152 / % possible all: 91.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GR8 1gr8 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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