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- PDB-1oc2: The structure of NADH in the dTDP-D-glucose dehydratase (RmlB) enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oc2
タイトルThe structure of NADH in the dTDP-D-glucose dehydratase (RmlB) enzyme
要素DTDP-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
キーワードLYASE / DEHYDRATASE / NADH / RHAMNOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide-sugar metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-BETA-D-XYLOSE / dTDP-glucose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Beis, K. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: The Structure of Nadh in the Enzyme Dtdp-D-Glucose Dehydratase (Rmlb)
著者: Beis, K. / Allard, S.T. / Hegeman, A.D. / Murshudov, G. / Philp, D. / Naismith, J.H.
履歴
登録2003年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DTDP-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
B: DTDP-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6489
ポリマ－77,9652
非ポリマー2,6847
水13,637757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.410, 94.829, 183.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 DTDP-GLUCOSE 4,6-DEHYDRATASE


分子量: 38982.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SUIS (バクテリア) / 株: SEROTYPE 2 / 細胞株: BL21DE3 / プラスミド: PET21(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GIP9, dTDP-glucose 4,6-dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-TDX / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-BETA-D-XYLOSE / チミジン5′-二りん酸β-(α-D-キシロピラノシル)


分子量: 534.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O15P2
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化pH: 5.4
詳細: 30% PEG 4K, 0.1M CITRIC ACID, PH5.4, 0.3M AMMONIUM SULPHATE,, pH 5.40
結晶化
*PLUS
pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: used microseeding, Allard, S.T., (2002) Structure, 10, 81.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13.6 mg/mlprotein1drop
22.5 mMdithiothreitol1drop
34 mMNAD+1drop
47 mMdTDP-xylose1drop
535 %(w/v)PEG40001reservoir
60.1 Mcitric acid1reservoirpH5.4
70.3 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→91.28 Å / Num. obs: 179804 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.1→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 34.7 Å / Num. obs: 168795 / Num. measured all: 2567266 / Rmerge(I) obs: 0.116
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KEP

1kep


解像度: 1.5→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.322 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MISSING RESIDUES FROM REFINEMENT MET A 1 SER A 2 MET B 1 LYS B 348
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 16689 9.9 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.173 152105 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5479 0 171 757 6407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0215857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.024944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8611.9697988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.8213.00411597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr6.065690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.021152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.270.26251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.23090
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3550.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6480.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5651.53433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21225542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22532424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6534.52446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 1104
Rwork0.28 10239
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40840.04560.06850.4087-0.03880.4695-0.00630.02330.0090.0417-0.00710.0132-0.0008-0.00020.01340.04450.0073-0.00190.0094-0.00260.075940.49220.4977.345
20.31890.0578-0.03980.38490.10130.89750.04150.0183-0.03650.0087-0.01450.05070.1029-0.0744-0.02690.0412-0.0082-0.01170.0118-0.0290.100216.492-1.18159.313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 348
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 348
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 34.7 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d0.008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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