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- PDB-1obw: STRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1obw
タイトルSTRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE
要素INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / MAGNESIUM / METAL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic triphosphate phosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / MOLECULAR REPL. / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Oganessyan, V.Yu. / Harutyunyan, E.H. / Avaeva, S.M. / Oganessyan, N.N. / Mather, T. / Huber, R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of holo inorganic pyrophosphatase from Escherichia coli at 1.9 A resolution. Mechanism of hydrolysis.
著者: Harutyunyan, E.H. / Oganessyan, V.Y. / Oganessyan, N.N. / Avaeva, S.M. / Nazarova, T.I. / Vorobyeva, N.N. / Kurilova, S.A. / Huber, R. / Mather, T.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994
タイトル: X-Ray Crystallographic Studies of Recombinant Inorganic Pyrophosphatase from Escherichia Coli
著者: Oganessyan, V.Yu. / Kurilova, S.A. / Vorobyeva, N.N. / Nazarova, T.I. / Popov, A.N. / Lebedev, A.A. / Avaeva, S.M. / Harutyunyan, E.H.
履歴
登録1996年10月9日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
C: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,92610
ポリマ－58,7563
非ポリマー1707
水4,504250
1
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
C: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
C: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,85220
ポリマ－117,5126
非ポリマー34014
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area15060 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area39070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.300, 110.300, 78.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-176-

MG

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.47705, -0.8749, -0.08355), (0.87743, -0.47956, 0.01185), (-0.05043, -0.06765, 0.99643)3.28619, 63.82998, 1.17431
2given(-0.51375, 0.85661, -0.04777), (-0.85198, -0.51594, -0.08908), (-0.10096, -0.00507, 0.99488)-54.36329, 35.1912, -1.55517

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要素

#1: タンパク質 INORGANIC PYROPHOSPHATASE / PYROPHOSPHATE HYDROLASE


分子量: 19585.279 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / プラスミド: PUC19
遺伝子 (発現宿主): PYROPHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA COLI
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7A9, inorganic diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMTris-HCl1drop
225 %1dropNH4Cl
30.2 Mprotein1drop
4250 mM1dropMgCl2
5100 mMTris-HCl1reservoir
658 %1reservoirNH4Cl
7250 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 41190 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Num. measured all: 360600 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.241

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPL.
開始モデル: REFINED STRUCTURE OF APO-FORM OF THIS ENZYME AT 2.2A. (HARUTYUNYAN ET AL., 1996, CRYSTALLOGRAPHIA(RUS), V.14 ,PP84-96.

解像度: 1.9→15 Å / σ(F): 1
詳細: ESTIMATED COORD. ERROR 0.26 ANGSTROMS FINAL RMS COORD. SHIFT 0.002 ANGSTROMS
Rfactor反射数
Rfree0.22 -
Rwork0.176 -
obs-360600
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4137 0 7 250 4394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9274
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.6646
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.1666
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.376
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1420.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2550.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1870.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.176 / Rfactor Rfree: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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