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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1obr | ||||||
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タイトル | CARBOXYPEPTIDASE T | ||||||
要素 | CARBOXYPEPTIDASE T | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CARBOXYPEPTIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Polyakov, K. / Obmolova, G. / Osterman, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1992 タイトル: Crystal structure of carboxypeptidase T from Thermoactinomyces vulgaris. 著者: Teplyakov, A. / Polyakov, K. / Obmolova, G. / Strokopytov, B. / Kuranova, I. / Osterman, A. / Grishin, N. / Smulevitch, S. / Zagnitko, O. / Galperina, O. / Matz, M. / Stepanov, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1obr.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1obr.ent.gz | 59 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1obr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1obr_validation.pdf.gz | 423 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1obr_full_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1obr_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1obr_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5cpaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36958.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 参照: UniProt: P29068, carboxypeptidase T | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 1.5 |
検出器 | タイプ: FILM / 検出器: FILM / 日付: 1987 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 21053 / % possible obs: 61 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CARBOXYPEPTIDASE A (PDB ENTRY 5CPA) 解像度: 2.3→7 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |