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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1obk | ||||||
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タイトル | crystal structure of the R158Q mutant of Malonamidase E2 from Bradyrhizobium japonicum | ||||||
要素 | MALONAMIDASE E2 | ||||||
キーワード | AMIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Shin, S. / Oh, B.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Characterization of a Novel Ser-Cisser-Lys Catalytic Triad in Comparison with the Classical Ser-His-Asp Triad. 著者: Shin, S. / Yun, Y.S. / Koo, H.M. / Kim, Y.S. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1obk.cif.gz | 179.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1obk.ent.gz | 142.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1obk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/1obk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1o9nC 1o9oC 1o9pC 1o9qC 1obiC 1objC 1oblC 1ochC 1ockC 1oclC 1ocmC 1gr8 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43706.688 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CIS PEPTIDE BOND BETWEEN GLYCINE 130 AND SERINE 131 / 由来: (組換発現) BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM (根粒菌) / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZIV5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 20% POLYETHYLENE GLYCOL 1000, 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 38625 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 11.24 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 85.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS 開始モデル: PDB ENTRY 1GR8 1gr8 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: CIS PEPTIDE BOND BETWEEN GLYCINE 130 AND SERINE 131
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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