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万見
- PDB-1ob4: Cephaibol A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ob4
タイトルCephaibol A
要素CEPHAIBOL A
キーワードANTIBIOTIC / ION CHANNEL / CEPHAIBOL / PEPTAIBOL / ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL
機能・相同性Cephaibol A / ETHANOL / :
機能・相同性情報
生物種ACREMONIUM TUBAKII (菌類)
手法X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Schiell, M. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Cephaibols
著者: Bunkoczi, G. / Schiell, M. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2003年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / refine / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CEPHAIBOL A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7012
ポリマ－1,6551
非ポリマー461
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)30.534, 37.787, 9.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CEPHAIBOL A


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1654.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CEPHAIBOL A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
由来: (天然) ACREMONIUM TUBAKII (菌類) / 参照: NOR: NOR00969, Cephaibol A
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CEPHAIBOL A IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...CEPHAIBOL A IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, CEPHAIBOL A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: CEPHAIBOL A CHAIN: A COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 0 TO 16 DESCRIPTION: CEPHAIBOL A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 22 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M NAAC/HAC PH=4.6, 34% ETOH, pH 4.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 4.8 / PH range high: 4.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlcephaibol1drop
20.1 MNaAc/HAc1reservoirpH4.2-4.8
330-38 %ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER M06XCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→37.8 Å / Num. obs: 7025 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 9.45 % / Rmerge(I) obs: 0.0431 / Net I/σ(I): 29.21
反射 シェル解像度: 0.95→1.05 Å / 冗長度: 4.66 % / Rmerge(I) obs: 0.1156 / Mean I/σ(I) obs: 10.67 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
最高解像度: 0.95 Å / 冗長度: 9.45 % / Num. measured all: 67303 / Rmerge(I) obs: 0.0431
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1156 / Mean I/σ(I) obs: 10.67

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 0.95→37.8 Å / Num. parameters: 1429 / Num. restraintsaints: 2016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: RESTRAINTS FOR AIB, DIV, HYP AND PHL FROM ANTIAMOEBIN (PDB 1JOH)
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.112 353 5 %RANDOM
all0.0872 7025 --
obs0.0858 -98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 124 / Occupancy sum non hydrogen: 133.28
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→37.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数119 0 3 15 137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.416
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.149
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.112
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.082
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 37.79 Å / Rfactor Rwork: 0.0872
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.416
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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