[日本語] English
万見
- PDB-1o9l: Succinate:Coenzyme-A Transferase (pig heart) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o9l
タイトルSuccinate:Coenzyme-A Transferase (pig heart)
要素SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / CONEZYME-A / MAD / PATHOGENIC MUTATIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


Utilization of Ketone Bodies / : / 3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / 3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferases signature 2. / Coenzyme A transferase binding site / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Coenzyme A transferases signature 1. / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I ...3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / 3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferases signature 2. / Coenzyme A transferase binding site / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Coenzyme A transferases signature 1. / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / 2-(ETHYLMERCURI-THIO)-BENZOIC ACID / Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mitchell, E.P. / Lloyd, A.J. / Lewis, G. / Shoolingin-Jordan, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Succinate:Coenzyme-A Transferase Deficiency: A Structural View of Pathogenic Mutations
著者: Mitchell, E.P. / Lloyd, A.J. / Lewis, G. / Shoolingin-Jordan, P.
履歴
登録2002年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
B: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
C: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
D: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,54913
ポリマ－209,1764
非ポリマー2,3739
水9,224512
1
A: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
B: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8136
ポリマ－104,5882
非ポリマー1,2254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
D: SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7367
ポリマ－104,5882
非ポリマー1,1485
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.800, 133.800, 101.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
SUCCINYL-COA\:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE / SUCCINYL COA\:3-OXOACID COA-TRANSFERASE / OXCT / SCOT


分子量: 52293.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: HEART / 参照: UniProt: Q29551, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: 化合物
ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#3: 化合物 ChemComp-EMT / 2-(ETHYLMERCURI-THIO)-BENZOIC ACID / 2-[エチルメルクリオ(II)チオ]安息香酸


分子量: 382.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10HgO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細KEY ENZYME FOR KETONE BODY CATABOLISM. TRANSFERS THE COA MOIETY FROM SUCCINATE TO ACETOACETATE. ...KEY ENZYME FOR KETONE BODY CATABOLISM. TRANSFERS THE COA MOIETY FROM SUCCINATE TO ACETOACETATE. FORMATION OF THE ENZYME-COA INTERMEDIATE PROCEEDS VIA AN UNSTABLE ANHYDRIDE SPECIES FORMED BETWEEN THE CARBOXYLATE GROUPS OF THE ENZYME AND SUBSTRATE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.008,0.8300
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0081
20.831
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 73890 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2143399.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES IN THE SERVERAL REGIONS WERE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS AND WERE NOT MODELLED: A/B287-299,C286-299, D283-299, B/C401-419, B/C441-465
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1506 2 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 75611 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.1123 Å2 / ksol: 0.377739 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.97 Å20 Å22.08 Å2
2---8.26 Å20 Å2
3----1.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13576 0 47 512 14135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.112.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 230 1.8 %
Rwork0.277 12313 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る