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- PDB-1o9b: QUINATE/SHIKIMATE DEHYDROGENASE YDIB COMPLEXED WITH NADH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o9b
タイトルQUINATE/SHIKIMATE DEHYDROGENASE YDIB COMPLEXED WITH NADH
要素HYPOTHETICAL SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YDIB
キーワードOXIDOREDUCTASE / QUINATE / SHIKIMATE / NAD / MONTREAL-KINGSTON BACTERIAL STRUCTURAL GENOMICS INITIATIVE / BSGI / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate/shikimate dehydrogenase [NAD(P)+] / quinate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / quinate 3-dehydrogenase (NAD+) activity / shikimate 3-dehydrogenase (NAD+) activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Quinate/Shikimate dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Quinate/Shikimate dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Quinate/shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Michel, G. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structures of Shikimate Dehydrogenase Aroe and its Paralog Ydib: A Common Structural Framework for Different Activities
著者: Michel, G. / Roszak, A.W. / Sauve, V. / Mclean, J. / Matte, A. / Coggins, J.R. / Cygler, M. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2002年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YDIB
B: HYPOTHETICAL SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YDIB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3539
ポリマ－63,5472
非ポリマー1,8067
水2,774154
1
A: HYPOTHETICAL SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YDIB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7245
ポリマ－31,7741
非ポリマー9504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYPOTHETICAL SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YDIB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6294
ポリマ－31,7741
非ポリマー8553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.874, 157.874, 40.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98275, -0.06534, -0.17302), (0.10799, -0.9622, -0.25002), (-0.15015, -0.26439, 0.95266)
ベクター: 238.74544, 81.28804, 30.46164)

-
要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YDIB


分子量: 31773.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MC1061 P3 / 解説: GST-TAG, SELEMETHIONYL PROTEIN / プラスミド: PGEX-4T1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3)
参照: UniProt: P28244, UniProt: P0A6D5*PLUS, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.305 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: KH2PO4, NAH2PO4, HEPES, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.0 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
3200 mM1dropNaCl
45 %(w/v)glycerol1drop
55 mMdithiothreitol1drop
60.8 Mpotassium phosphate1reservoir
70.8 Msodium phosphate1reservoir
80.1 MHEPES1reservoirpH7.5
92 mMNADH1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.97161
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97161 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 38407 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.88 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.88 % / Rmerge(I) obs: 0.028
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1887922.36 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 972 4.8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 20116 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.8041 Å2 / ksol: 0.313499 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å24.1 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3---3.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4274 0 113 154 4541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 162 4.9 %
Rwork0.267 3139 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NAD.PARNAD.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 20136 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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