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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o8p | ||||||
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タイトル | Unbound structure of CsCBM6-3 from Clostridium stercorarium | ||||||
要素 | PUTATUVE ENDO-XYLANASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CARBOHYDRATE-BINDING MODULE / XYLAN / CELLULOSE / BETA- SANDWICH / GLYCOSIDASE / XYLAN DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CLOSTRIDIUM STERCORARIUM (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Boraston, A.B. / Notenboom, V. / Warren, R.A.J. / Kilbrun, D.G. / Rose, D.R. / Davies, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2003 タイトル: Structure and ligand binding of carbohydrate-binding module CsCBM6-3 reveals similarities with fucose-specific lectins and "galactose-binding" domains. 著者: Boraston, A.B. / Notenboom, V. / Warren, R.A. / Kilburn, D.G. / Rose, D.R. / Davies, G. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o8p.cif.gz | 41.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o8p.ent.gz | 27.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o8p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1o8p_validation.pdf.gz | 423.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1o8p_full_validation.pdf.gz | 423.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1o8p_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1o8p_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15516.851 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOHYDRATE-BINDING DOMAIN, RESIDUES 273-417 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM STERCORARIUM (バクテリア) 株: NCIB11745 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q93AQ5, UniProt: Q8GJ44*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | C-TERMINAL MODULE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→40 Å / Num. obs: 8498 / % possible obs: 79.2 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 28.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 27.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 2.12 Å / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 1GMM 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.854 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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