PDB-1o8c: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI K-12 YHDH WITH BOUND NADPH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o8c

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI K-12 YHDH WITH BOUND NADPH

要素

YHDH

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / POSSIBLE NADPH-DEPENDENT QUINONE OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

acrylyl-CoA reductase (NADPH) / acryloyl-CoA reductase (NADPH) activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Pagot, F. / Grisel, S. / Salamoni, A. / Valencia, C. / Bignon, C. / Vincentelli, R. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of Escherichia Coli Yhdh, a Putative Quinone Oxidoreductase
著者: Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Pagot, F. / Grisel, S. / Salomoni, A. / Valencia, C. / Campanacci, V. / Vincentelli, R. / Tegoni, M. / Eklund, H. / Cambillau, C.

履歴

登録	2002年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o8c.cif.gz	262.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o8c.ent.gz	214.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o8c_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o8c_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	1o8c_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	1o8c_validation.cif.gz	68.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o89SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gxf-d 4rvu-1 2vwg-1 6grc-d 3sc1-2 5cnq-d 4q0j-d 3s3f-d 4rvu-2 2eer-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YHDH

B: YHDH

C: YHDH

D: YHDH

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YHDH

D: YHDH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YHDH

C: YHDH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.313, 189.313, 98.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.167319, -0.950808, -0.260705), (0.648768, 0.305297, -0.69706), (0.742363, -0.052505, 0.667936)	-57.0945, 174.5057, 122.2391
2	given	(0.4345, 0.90055, -0.01494), (0.90057, -0.43464, -0.00784), (-0.01355, -0.01004, -0.99986)	-93.74427, 149.89442, 46.29948
3	given	(-0.78097, 0.56435, 0.26758), (0.56755, 0.46243, 0.68121), (0.2607, 0.68387, -0.68144)	37.4186, 21.2013, -76.13287

詳細

TWO COMPLETE DIMERS ARE PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT,ONE IS FORMED BY CHAINS A,D, THE OTHER BY CHAINS B,C

#1: タンパク質	YHDH / B3253 / YHDH / PUTATIVE QUINONE OXIDOREDUCTASE 分子量: 37294.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26646
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THIS ENTRY IS FROM A STRUCTURAL GENOMICS EXPERIMENT, POSSIBLY A NADPH-DEPENDENT QUINONE OXIDOREDUCTASE
配列の詳細	RESIDUES -20 TO 0 AND 10 TO 12 MISSING FROM DECK OF COORDINATES. RESIDUES -20 TO 1 ARE FROM THE ...RESIDUES -20 TO 0 AND 10 TO 12 MISSING FROM DECK OF COORDINATES. RESIDUES -20 TO 1 ARE FROM THE EXPRESSION TAG AT THE N-TERMINUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	pH: 5.5 詳細: 8.5 % PEG 8K, 0.1 M NA-ACETATE PH 5.5, 0.01 MM ZNCL2, 5 MM NADPH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→43.7 Å / Num. obs: 62012 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NATIVE YHD, PDB ID CODE 1O89

1o89

解像度: 2.6→158.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 7.165 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	3140	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.173	58842	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→158.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9752	0	192	348	10292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	10136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	1.98	13797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.776	3	21635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.897	5	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	10613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	5924
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.254	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.256	254
R_work	0.208	4318

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0418	-0.7633	-0.188	5.7796	0.9111	3.4336	0.2037	0.1866	0.0343	-0.5016	-0.1564	-0.0062	-0.403	-0.1224	-0.0473	0.3091	0.171	-0.0432	0.217	-0.0001	0.1536	32.005	116.611	-12.795
2	2.144	-0.4736	-0.1653	0.8397	-0.3858	0.7943	0.0341	-0.2518	-0.1664	0.0738	-0.0022	0.1315	-0.1291	0.1034	-0.0319	0.2314	0.0389	-0.0326	0.2574	0.036	0.2872	43.349	103.892	11.73
3	5.7962	2.4849	-3.4397	7.3603	-0.804	9.2778	0.103	0.1794	-0.6877	-0.133	-0.2098	0.273	0.4904	-0.3378	0.1067	0.1647	0.0976	-0.1787	0.1504	-0.0107	0.292	32.656	99.688	-3.748
4	1.9571	-1.9887	1.0542	5.0827	-0.9619	4.9272	0.0811	-0.4046	0.0429	0.1286	-0.0093	0.3937	-0.2598	-0.6613	-0.0718	0.3784	0.1278	-0.0054	0.3141	-0.0066	0.3307	26.921	119.113	1.625
5	4.0516	0.2451	-0.9738	3.8449	-1.0818	5.4192	0.1543	0.1702	-0.0637	-0.1935	-0.1251	0.1571	-0.2687	-0.151	-0.0292	0.2934	0.0017	-0.0289	0.0888	-0.0131	0.1958	14.464	180.379	24.03
6	-0.0288	-0.0758	-0.0686	2.999	0.3577	1.9379	-0.0174	-0.0817	0.0664	0.4267	0.0168	-0.3657	-0.1617	0.4225	0.0005	0.3919	-0.0298	-0.0313	0.3166	0.0343	0.2861	26.315	164.402	46.353
7	5.7544	1.1565	2.8911	8.4575	6.66	15.9619	-0.1869	-0.4129	0.1159	0.3103	-0.1838	0.6042	-0.3625	-0.5394	0.3707	0.3051	0.0617	0.0799	0.1269	0.0933	0.2097	10.279	174.045	41.689
8	6.4104	-1.4063	1.9949	5.8024	0.193	3.0966	0.0782	-0.1266	0.4723	0.2153	-0.19	-0.5955	-0.5128	0.4733	0.1118	0.4854	-0.1107	-0.0079	0.3252	0.0486	0.3843	25.988	185.011	33.211
9	4.0782	-2.1331	-0.278	6.1495	0.3857	3.1901	-0.2672	-0.1872	-0.0415	1.3906	0.3174	0.0631	0.214	0.2694	-0.0502	0.7878	0.2447	0.0885	0.2076	0.0417	0.1259	25.399	128.213	57.419
10	1.2617	0.0156	0.3468	2.8293	0.6737	0.8468	-0.0594	0.1273	-0.1425	-0.1862	0.0348	0.2033	0.0629	0.2561	0.0246	0.2775	0.0519	0.0127	0.2362	0.0272	0.2761	18.532	143.624	32.95
11	9.436	1.8822	3.2231	7.3435	3.61	7.8356	-0.166	0.0017	-0.0219	0.9708	0.1565	1.2482	0.3409	-0.1785	0.0095	0.3739	0.1236	0.2378	0.1418	0.1577	0.3888	10.289	135.987	48.624
12	2.4878	-0.8584	1.1084	6.0434	-1.6559	4.0547	-0.0948	0.3386	-0.4546	0.0555	0.1336	0.1295	0.6684	-0.0021	-0.0389	0.5131	0.1829	0.083	0.3167	-0.0143	0.3595	25.134	122.312	43.071
13	4.6938	-0.0473	0.9465	3.9222	0.5822	3.5846	-0.0096	-0.0948	-0.3894	0.2646	0.0396	0.3133	0.0843	0.2309	-0.0299	0.1029	0.0835	0.0228	0.2384	0.0724	0.2757	74.868	84.519	20.72
14	3.3862	-1.867	0.2608	0.5744	-0.2002	1.6708	0.3236	0.5789	0.2683	-0.2758	-0.3367	-0.1965	-0.1149	0.4644	0.0131	0.2935	0.1038	-0.0021	0.4869	0.0587	0.284	65.384	101.855	-1.797
15	8.8199	-1.2511	-5.6099	6.942	0.3924	13.7749	0.3194	0.6988	-1.2136	-0.7082	-0.5129	0.5498	0.8568	0.1287	0.1935	0.2623	0.2124	-0.2317	0.3215	-0.0894	0.354	67.115	83.296	3.083
16	8.4708	-4.5062	0.4588	7.4771	-2.611	3.6722	0.0622	0.2247	0.261	-0.0971	0.0594	-0.4153	-0.204	0.3122	-0.1217	0.2099	0.0072	0.0223	0.4474	-0.0124	0.3167	83.963	92.747	11.287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	126 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	269 - 292
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	293 - 324
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	126 - 268
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	269 - 292
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	293 - 324
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	126 - 268
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	269 - 292
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	293 - 324
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 125
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	126 - 268
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	269 - 292
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	293 - 324

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)