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- PDB-1o8b: Structure of Escherichia coli ribose-5-phosphate isomerase, RpiA,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o8b
タイトルStructure of Escherichia coli ribose-5-phosphate isomerase, RpiA, complexed with arabinose-5-phosphate.
要素RIBOSE 5-PHOSPHATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / RIBOSE PHOSPHATE ISOMERASE / RPIA / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribose metabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-O-phosphono-beta-D-arabinofuranose / Ribose-5-phosphate isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Zhang, R.-g. / Andersson, C.E. / Savchenko, A. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Beasley, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Mowbray, S.L. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structure of Escherichia Coli Ribose-5-Phosphate Isomerase: A Ubiquitous Enzyme of the Pentose Phosphate Pathway and the Calvin Cycle
著者: Zhang, R.-G. / Andersson, C.E. / Savchenko, A. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Beasley, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Mowbray, S.L.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1993
タイトル: Escherichia Coli Rpia Gene Encoding Ribose Phosphate Isomerase A
著者: Hove-Jensen, B. / Maigaard, M.
履歴
登録2002年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / struct_conn
Item: _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSE 5-PHOSPHATE ISOMERASE
B: RIBOSE 5-PHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8834
ポリマ－46,4232
非ポリマー4602
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-13.11 kcal/mol
Surface area16050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.049, 42.400, 60.195
Angle α, β, γ (deg.)90.23, 100.98, 98.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 RIBOSE 5-PHOSPHATE ISOMERASE / PHOSPHORIBOISOMERASE A / RPIA


分子量: 23211.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A7Z0, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 糖 ChemComp-ABF / 5-O-phosphono-beta-D-arabinofuranose / BETA-D-ARABINOFURANOSE-5'-PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-arabinose / 5-O-phosphono-D-arabinose / 5-O-phosphono-arabinose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
b-D-Araf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM A SOLUTION CONTAINING 3.5 MG/ML PROTEIN, 30-35 % PEG 4000 10 MM ARABINOSE-5-PHOSPHATE, 0.05M TRIS-HCL PH 8.4, 0.1 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月13日 / 詳細: GE(220),HORIZONTAL FOCUSING MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→40 Å / Num. obs: 90067 / % possible obs: 81.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 40.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KS2

1ks2


解像度: 1.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 1.076 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ELECTRON DENSITY COULD NOT BE OBSERVED FOR RESIDUES 1-22, 32-46, 56-67, 98 AND 219 IN MOLECULE A AND RESIDUES 1,18-21, 98 AND 219 IN MOLECULE B. THESE RESIDUES WERE OMITTED AND ARE NOT PRESENT IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 4498 4.9 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 86708 81.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0.68 Å20.25 Å2
2---0.48 Å2-0.3 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2771 0 28 159 2958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8631.9813829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.31223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.5260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5070.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7751.51861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14722982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2363967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1224.5847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.293 136
Rwork0.304 2767
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.661212.8122-3.369314.4295-8.07746.6576-0.87820.7406-0.7833-0.7150.4396-0.81070.6265-0.07820.43860.1241-0.02290.07540.1251-0.07660.10883.2535-4.3999-7.1036
231.6244-0.3751-8.30843.7495-0.02294.3765-1.12481.032-2.1034-0.04550.4302-0.1840.4329-0.21020.69460.1102-0.04650.09420.126-0.12470.229210.1763-3.2891-7.8715
33.44111.0103-1.90151.4398-0.34532.7794-0.14750.30770.0789-0.24110.14630.10250.046-0.03140.00120.0477-0.0225-0.03530.06970.00450.0320.85732.686-2.9094
41.30970.1935-0.13860.9522-0.24351.0099-0.02610.0896-0.0615-0.02580.05460.16840.0769-0.0883-0.02850.01810.0015-0.00630.01290.00640.054-1.63431.98898.1974
55.69363.8307-2.74685.893-2.96266.02270.181-0.22430.05270.3466-0.2783-0.20560.02520.16640.09730.1067-0.0292-0.01560.0489-0.01580.012125.845628.351331.5816
61.49780.26040.56242.3325-0.52241.95610.1062-0.2402-0.13760.416-0.0848-0.1350.14330.0463-0.02140.1257-0.0094-0.01730.06180.00050.048220.523615.877629.3018
70.69190.23480.13021.01070.2390.95830.0280.01920.10740.0115-0.00910.0084-0.06170.0437-0.01890.00930.00650.01010.0168-0.00020.037814.5421.043813.0985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4A99 - 218
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6B22 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7B99 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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