[日本語] English
万見
- PDB-1o84: Crystal Structure of Bacteriocin AS-48. N-decyl-beta-D-maltoside ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o84
タイトルCrystal Structure of Bacteriocin AS-48. N-decyl-beta-D-maltoside Bound.
要素PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
キーワードPEPTIDE ANTIBIOTIC / BACTERIOCIN / ANTIBACTERIAL PEPTIDE / MEMBRANE PERMEABILIZATION / PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY / CYCLIC POLYPEPTIDE / PROTEIN MEMBRANE INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin AS-48 / Bacteriocin AS-48 / Circular bacteriocin / Bacteriocin class IId cyclical uberolysin-like / Bacteriocin As-48; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / DECANE / AS-48 protein
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sanchez-Barrena, M.J. / Martinez-Ripoll, M. / Galvez, A. / Valdivia, E. / Maqueda, M. / Cruz, V. / Albert, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of Bacteriocin as-48: From Soluble State to Membrane Bound State
著者: Sanchez-Barrena, M.J. / Martinez-Ripoll, M. / Galvez, A. / Valdivia, E. / Maqueda, M. / Cruz, V. / Albert, A.
履歴
登録2002年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
B: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,41210
ポリマ－14,3552
非ポリマー1,0578
水45025
1
A: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
B: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
ヘテロ分子

A: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
B: PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,82420
ポリマ－28,7104
非ポリマー2,11416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.488, 76.488, 51.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1072-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.6455, 0.1237, 0.7537), (0.0138, -0.9847, 0.1735), (0.7637, 0.1224, 0.6339)
ベクター: 26.4733, 42.3851, -17.938)

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48 / BATERIOCIN AS-48


分子量: 7177.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CYCLIC PROTEIN, LINK BETWEEN M1 AND W70 / 由来: (天然) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 参照: UniProt: Q47765
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 32分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES FROM DROPS CONTAINING AS48 (20 MG/ML), 18 MM N-DECYL-BETA-D-MALTOSIDE AND RESERVOIR SOLUTION (0.2 M AMMONIUM SULPHATE,25 % W/V ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES FROM DROPS CONTAINING AS48 (20 MG/ML), 18 MM N-DECYL-BETA-D-MALTOSIDE AND RESERVOIR SOLUTION (0.2 M AMMONIUM SULPHATE,25 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000) IN A RATIO 4:1:5, pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
425 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→34.3 Å / Num. obs: 4544 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 34.3 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.138
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→10 Å / SU B: 15.606 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 詳細: NCS RESTRAINTS USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25607 185 4.7 %RANDOM
Rwork0.23576 ---
obs0.23669 3777 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.56 Å20 Å20 Å2
2---3.56 Å20 Å2
3---7.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1008 0 64 25 1097
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg2.141
X-RAY DIFFRACTIONplanar_d0.006
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.85 Å / Rfactor Rfree: 0.309 / Rfactor Rwork: 0.286

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る