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- PDB-1o7x: Citrate synthase from Sulfolobus solfataricus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7x
タイトルCitrate synthase from Sulfolobus solfataricus
要素CITRATE SYNTHASE
キーワードSYNTHASE / LYASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / : / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / 2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain ...: / 2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bell, G.S. / Russell, R.J.M. / Connaris, H. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Stepwise Adaptations of Citrate Synthase to Survival at Life'S Extremes. From Psychrophile to Hyperthermophile.
著者: Bell, G.S. / Russell, R.J.M. / Connaris, H. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
履歴
登録2002年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CITRATE SYNTHASE
B: CITRATE SYNTHASE
C: CITRATE SYNTHASE
D: CITRATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,2244
ポリマ－171,2244
非ポリマー00
水00
1
A: CITRATE SYNTHASE
B: CITRATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6122
ポリマ－85,6122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: CITRATE SYNTHASE
D: CITRATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6122
ポリマ－85,6122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.340, 97.860, 119.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CITRATE SYNTHASE


分子量: 42806.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80148, EC: 4.1.3.7
構成要素の詳細CITRATE SYNTHASE IS FOUND IN THOSE CELLS CAPABLE OF OXIDATIVE METABOLISM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMcitrate1dropand CoA
3100 mMTris-HCl1reservoirpH7.2
417 %(v/v)PEG80001reservoir
50.1 M1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 46758 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.71→2.82 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 148169
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.25

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 -10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 46758 88.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11738 0 0 0 11738
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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