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万見
- PDB-1o7j: Atomic resolution structure of Erwinia chrysanthemi L-asparaginase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7j
タイトルAtomic resolution structure of Erwinia chrysanthemi L-asparaginase
要素L-ASPARAGINASE
キーワードHYDROLASE / L-ASPARAGINASE / ATOMIC RESOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine metabolic process / asparaginase / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. ...L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Dauter, M. / Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Atomic Resolution Structure of Erwinia Chrysanthemi L-Asparaginase
著者: Lubkowski, J. / Dauter, M. / Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Dauter, Z.
履歴
登録2002年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ASPARAGINASE
B: L-ASPARAGINASE
C: L-ASPARAGINASE
D: L-ASPARAGINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,19026
ポリマ－140,4924
非ポリマー1,69822
水24,5001360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.380, 90.350, 127.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2049-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.394, 0.91, 0.13), (0.911, -0.405, 0.078), (0.124, 0.088, -0.988)13.419, -28.817, 56.852
2given(-0.952, -0.031, -0.304), (-0.031, -0.98, 0.198), (-0.304, 0.198, 0.932)65.726, -5.013, 10.888
3given(-0.438, -0.881, 0.181), (-0.881, 0.38, -0.283), (0.181, -0.283, -0.942)36.165, 34.143, 53.906

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要素

#1: タンパク質
L-ASPARAGINASE / L-ASPARAGINE AMIDOHYDROLASE / L-ASNASE


分子量: 35123.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) / 参照: UniProt: P06608, asparaginase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CONVERTS L-ASPARAGINE TO L-ASPARATE WITH THE RELEASE OF AMMONIA. AVAILABLE UNDER THE NAME ERWINASE ...CONVERTS L-ASPARAGINE TO L-ASPARATE WITH THE RELEASE OF AMMONIA. AVAILABLE UNDER THE NAME ERWINASE (BEAUFOUR IPSEN). USED AS AN ANTINEOPLASTIC IN CHEMOTHERAPY.
配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE FOLLOWS THE SEQUENCE DERIVED FROM A VARIANT STRAIN NCPPB 1125 OF ERWINIA ...THE PROTEIN SEQUENCE FOLLOWS THE SEQUENCE DERIVED FROM A VARIANT STRAIN NCPPB 1125 OF ERWINIA CHRYSANTHEMI AS LISTED IN THE SWISS-PROT DATABASE REFERENCE P06608 AND DESCRIBED IN FILPULA ET AL., NUCLEIC ACIDS RESEARCH VOL. 16, PAGE 10385 (1988).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: AMMONIUM SULFATE, PEG 400, TRIS BUFFER PH 8.5
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Miller, M., (1993) FEBS Lett., 328, 275.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 %ammonium sulfate1reservoirpH8-9
20.1 MCHES1reservoir
32 %(w/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月10日 / 詳細: FOCUSSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) SAGITALLY FOCUSSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→25 Å / Num. obs: 559626 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 75.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 1780326 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1 Å / % possible obs: 75.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JSL

1jsl


解像度: 1→10 Å / Num. parameters: 104166 / Num. restraintsaints: 128707 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1283 5592 1 %RANDOM
all0.1098 558994 --
obs0.1098 -85.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 76 / Occupancy sum hydrogen: 9277 / Occupancy sum non hydrogen: 11164.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9792 0 91 1360 11243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.099
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.08
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 553402 / Rfactor Rwork: 0.1098
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_chiral_restr / Dev ideal: 0.099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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