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- PDB-1o7f: CRYSTAL STRUCTURE OF THE REGULATORY DOMAIN OF EPAC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE REGULATORY DOMAIN OF EPAC2
要素CAMP-DEPENDENT RAP1 GUANINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR
キーワードREGULATION / EPAC2 / CAMP-GEF2 / CAMP / CAMPB BINDING DOAMIN / GEF / EXCHANGE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


cone cell pedicle / positive regulation of neuronal action potential / Integrin signaling / regulation of dendrite development / Rap1 signalling / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of exocytosis / regulation of synaptic vesicle cycle / calcium-ion regulated exocytosis ...cone cell pedicle / positive regulation of neuronal action potential / Integrin signaling / regulation of dendrite development / Rap1 signalling / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of exocytosis / regulation of synaptic vesicle cycle / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / negative regulation of synaptic transmission / insulin secretion / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of postsynapse organization / positive regulation of smooth muscle cell migration / brush border / excitatory synapse / photoreceptor outer segment / cAMP binding / photoreceptor inner segment / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of protein secretion / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / small GTPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / growth cone / basolateral plasma membrane / Ras protein signal transduction / dendritic spine / postsynaptic density / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein-containing complex / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rap guanine nucleotide exchange factor 4 / Rap guanine nucleotide exchange factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rehmann, H. / Prakash, B. / Wolf, E. / Rueppel, A. / De Rooij, J. / Bos, J.L. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure and Regulation of the Camp-Binding Domains of Epac2
著者: Rehmann, H. / Prakash, B. / Wolf, E. / Rueppel, A. / De Rooij, J. / Bos, J.L. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2002年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP-DEPENDENT RAP1 GUANINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2711
ポリマ－53,2711
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.429, 96.062, 103.776
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CAMP-DEPENDENT RAP1 GUANINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR


分子量: 53270.602 Da / 分子数: 1
断片: CNMP-BINDING DOMAIN, DISHEVELLED-EGL-PLECKSTRIN (DEP), CNMB-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-463
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-4T2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z1P0, UniProt: Q9EQZ6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 25 MM HEPES PH 7.5, 1M NA K PHOSPHATE, 10 MM DTE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMHEPES1reservoirpH7.5
3250 mM1reservoirNaH2PO4
4750 mM1reservoirK2HPO4
510 mMdithiothreitol1reservoir
640 mg/mlprotein1drop
21reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 23875 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 57.8 Å2 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.017 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 92.9
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 151369 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
SnB位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 2.5→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2123814.59 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1204 5 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 23875 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.3068 Å2 / ksol: 0.357018 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.69 Å20 Å20 Å2
2--1.77 Å20 Å2
3---4.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 0 69 3437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 187 4.8 %
Rwork0.357 3728 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER-REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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