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- PDB-1o7b: Refined solution structure of the human TSG-6 Link module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7b
タイトルRefined solution structure of the human TSG-6 Link module
要素TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE PROTEIN TSG-6
キーワードCELL ADHESION / HYALURONAN-BINDING DOMAIN / CARBOHYDRATE-BINDING DOMAIN / LINK MODULE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway ...fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of receptor clustering / negative regulation of inflammatory response / tertiary granule lumen / cell-cell signaling / ficolin-1-rich granule lumen / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily ...Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / AB INITIO SIMULATED ANNEALING
データ登録者Blundell, C.D. / Teriete, P. / Kahmann, J.D. / Pickford, A.R. / Campbell, I.D. / Day, A.J.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: The link module from ovulation- and inflammation-associated protein TSG-6 changes conformation on hyaluronan binding.
著者: Blundell, C.D. / Mahoney, D.J. / Almond, A. / DeAngelis, P.L. / Kahmann, J.D. / Teriete, P. / Pickford, A.R. / Campbell, I.D. / Day, A.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The Link Module from Human Tsg-6 Inhibits Neutrophil Migration in a Hyaluronan- and Inter-Alpha -Inhibitor-Independent Manner
著者: Getting, S.J. / Mahoney, D.J. / Cao, T. / Rugg, M.S. / Fries, E. / Milner, C.M. / Perretti, M. / Day, A.J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Hyaluronan Binding Properties of a Cd44 Chimera Containing the Link Module of Tsg-6
著者: Lesley, J. / English, N.M. / Gal, I. / Mikecz, K. / Day, A.J. / Hyman, R.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Mapping the Hyaluronan-Binding Site on the Link Module from Human Tumor Necrosis Factor-Stimulated Gene-6 by Site-Directed Mutagenesis
著者: Mahoney, D.J. / Blundell, C.D. / Day, A.J.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Localization and Characterization of the Hyaluronan-Binding Site on the Link Module from Human Tsg-6
著者: Kahmann, J.D. / O'Brien, R. / Werner, J.M. / Heinegard, D. / Ladbury, J.E. / Campbell, I.D. / Day, A.J.
#5: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997
タイトル: Method for Quantitative Refolding of the Link Module from Human Tsg-6
著者: Kahmann, J.D. / Koruth, R. / Day, A.J.
#6: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1996
タイトル: Overexpression, Purification, and Refolding of Link Module from Human Tsg-6 in Escherichia Coli: Effect of Temperature, Media, and Mutagenesis on Lysine Misincorporation at Arginine Aga Codons
著者: Day, A.J. / Aplin, R.T. / Willis, A.C.
#7: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Solution Structure of the Link Module: A Hyaluronan-Binding Domain Involved in Extracellular Matrix Stability and Cell Migration
著者: Kohda, D. / Morton, C.J. / Parkar, A.A. / Hatanaka, H. / Inagaki, F.M. / Campbell, I.D. / Day, A.J.
#8: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1992
タイトル: A Novel Secretory Tumour Necrosis Factor-Inducible Protein (Tsg-6) is a Member of the Family of Hyaluronate Binding Proteins, Closely Related to the Adhesion Receptor Cd44
著者: Lee, T.H. / Wisniewski, H.G. / Vilcek, J.
履歴
登録2002年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2003年11月7日ID: 1TSG
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_nmr_representative
Item: _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria
改定 1.42018年1月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_nmr_spectrometer.type
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE PROTEIN TSG-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9471
ポリマ－10,9471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE PROTEIN TSG-6 / HUMAN TSG-6 / HYALURONATE-BINDING PROTEIN / TNF-STIMULATED GENE 6 PROTEIN


分子量: 10946.578 Da / 分子数: 1 / 断片: LINK_MODULE, RESIDUES 36-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: EXTRACELLULAR, INFLAMMATION-ASSOCIATED / プラスミド: PRK172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P98066
構成要素の詳細POSSIBLE ROLE IN CELL-MATRIX INTERACTIONS DURING INFLAMMATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-NOESY-HSQC
12115N-HSQC-NOESY-HSQC
13113C-NOESY-HSQC
1412D-NOESY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY ON UNIFORMLY 15N- AND 13C,15N-LABELLED LINK_TSG6

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試料調製

詳細内容: 10% D2O, 1-3MM LINK_TSG6
試料状態イオン強度: ~2MM NA IONS / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Home built incorporating Oxford Instruments magnetHome-builtHOMEBUILT7501
Home built incorporating Oxford Instruments magnetHome-builtHOMEBUILT6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
FELIX2.3構造決定
XEASY構造決定
CNS構造決定
精密化手法: AB INITIO SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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