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- PDB-1o75: Tp47, the 47-Kilodalton Lipoprotein of Treponema pallidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o75
タイトルTp47, the 47-Kilodalton Lipoprotein of Treponema pallidum
要素47 KDA MEMBRANE ANTIGEN
キーワードLIPOPROTEINULLNTIGEN / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / INTEGRAL MEMBRANE LIPOPROTEIN / IMMUNOGEN / FOUR-DOMAIN PROTEIN / ANTIGEN / LIPOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein Tp47, domain B / Penicillin-binding protein Tp47, domain D / Penicillin-binding protein Tp47, domain C / Penicillin-binding protein Tp47, domain A / Penicillin-binding protein Tp47, domain C / Penicillin-binding protein Tp47, domain D / Penicillin-binding protein Tp47 domain A / Tp47, N-terminal domain superfamily / Tp47 lipoprotein, middle and C-terminal domain / Tp47, domain C superfamily ...Penicillin-binding protein Tp47, domain B / Penicillin-binding protein Tp47, domain D / Penicillin-binding protein Tp47, domain C / Penicillin-binding protein Tp47, domain A / Penicillin-binding protein Tp47, domain C / Penicillin-binding protein Tp47, domain D / Penicillin-binding protein Tp47 domain A / Tp47, N-terminal domain superfamily / Tp47 lipoprotein, middle and C-terminal domain / Tp47, domain C superfamily / Penicillin-binding protein Tp47 domain C / Penicillin-binding protein Tp47 domain a / Dna Ligase; domain 1 / SH3 type barrels. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / Putative DD-carboxypeptidase TP_0574
類似検索 - 構成要素
生物種TREPONEMA PALLIDUM (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Deka, R.K. / Machius, M. / Norgard, M.V. / Tomchick, D.R.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the 47-kDa lipoprotein of Treponema pallidum reveals a novel penicillin-binding protein.
著者: Deka, R.K. / Machius, M. / Norgard, M.V. / Tomchick, D.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci. USA / 年: 1994
タイトル: The 47-kDa Major Lipoprotein Immunogen of Treponema Pallidum is a Penicillin-Binding Protein with Carboxypeptidase Activity
著者: Weigel, L.M. / Radolf, J.D. / Norgard, M.V.
履歴
登録2002年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 47 KDA MEMBRANE ANTIGEN
B: 47 KDA MEMBRANE ANTIGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6488
ポリマ－91,3292
非ポリマー1,3196
水11,151619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.931, 128.931, 151.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細THE OLIGOMERIZATION STATE OF THE PROTEIN IN SOLUTIONIS MONOMERIC, AS DETERMINED VIA ANALYTICALULTRACENTRIFUGATION. THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANTOLIGOMERIZATION STATE OF THE MEMBRANCE BOUNDLIPOPROTIEN IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 47 KDA MEMBRANE ANTIGEN


分子量: 45664.566 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TREPONEMA PALLIDUM (梅毒トレポネーマ)
プラスミド: PASK-IBA7 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: P29723
#2: 多糖 2,3-di-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-2,3-di-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 662.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcp[2S,3S]a1-6DGlcp[2S,3S]a1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp2SO33SO3]{[(6+1)][a-D-Glcp2SO33SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS MEMBRANE LIPOPROTEIN IS A PATHOGEN-SPECIFIC MEMBRANE IMMUNOGEN FOUND ONLY IN TREPONEMES. MAY ...THIS MEMBRANE LIPOPROTEIN IS A PATHOGEN-SPECIFIC MEMBRANE IMMUNOGEN FOUND ONLY IN TREPONEMES. MAY PLAY AN IMPORTANT ROLE IN THE CELL ENVELOPE OF VIRULENT TREPONEMA. ENGINEERED MUTATION HIS 24 SER AND HIS 28 SER, CHAINS A, B
配列の詳細THE FIRST 20 RESIDUES OF THIS SEQUENCE ENCODES FOR THE LIPIDATED MEMBRANE ANCHOR. THE POST- ...THE FIRST 20 RESIDUES OF THIS SEQUENCE ENCODES FOR THE LIPIDATED MEMBRANE ANCHOR. THE POST-TRANSLATIONALLY MODIFIED N-TERMINAL CYSTEINE OF NATIVE TP47 WAS DESIGNATED AS AMINO ACID #1. ONLY RESIDUES 2-415 WERE EXPRESSED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 32% PEG 4000, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.6, 200 MM AMMONIUM ACETATE,3% (W/V) DEXTRAN SULFATE 8000
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.4
320 mM1dropNaCl
432 %(w/v)PEG40001reservoir
5100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
6200 mMammonium acetate1reservoir
73 %(w/v)dextran sulfate 80001reservoir
80.100 mM1reservoirplus or minusZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97938
検出器タイプ: APS SBC2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月1日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: GRAPHITE DOUBLE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→28.2 Å / Num. obs: 478972 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 105601 / Num. measured all: 478972
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→28.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3136619.47 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5036 5.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 101021 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.7 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.91 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6237 0 44 619 6900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0098
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.72.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 409 4.7 %
Rwork0.291 8287 -
obs--83.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMLIGANDS.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIGANDS.PARION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 35 Å / Num. reflection obs: 94665 / Num. reflection Rfree: 6356
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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