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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o6j | ||||||
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タイトル | Tryparedoxin II from C.fasciculata solved by sulphur phasing | ||||||
![]() | TRYPAREDOXIN II | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / TRYPAREDOXIN II / SULPHUR PHASING / SAD / S-SAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leonard, G.A. / Micossi, E. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: De Novo Phasing of Two Crystal Forms of Tryparedoxin II Using the Anomalous Scattering from S Atoms: A Combination of Small Signal and Medium Resolution Reveals This to be a General ...タイトル: De Novo Phasing of Two Crystal Forms of Tryparedoxin II Using the Anomalous Scattering from S Atoms: A Combination of Small Signal and Medium Resolution Reveals This to be a General Tool for Solving Protein Crystal Structures 著者: Micossi, E. / Hunter, W.N. / Leonard, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.769, 0.404, -0.495), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16928.457 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 16-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | CONSTRUCT STARTS AT RESIDUE 16 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 28025 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 35567 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 531442 / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.76 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.35→30 Å / SU B: 6.529 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: CNS USED IN INITIAL STAGES
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.201 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.351 Å / 最低解像度: 2.412 Å / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.256 / Num. reflection Rwork: 126 / Total num. of bins used: 20 |