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- PDB-1o5k: Crystal structure of Dihydrodipicolinate synthase (TM1521) from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5k
タイトルCrystal structure of Dihydrodipicolinate synthase (TM1521) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / TM1521 / DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Dihydrodipicolinate synthase (TM1521) from Thermotoga maritima at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2003年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月20日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.02018年5月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 2.22023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.32023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9563
ポリマ－67,9162
非ポリマー401
水9,152508
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9126
ポリマ－135,8324
非ポリマー802
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area8980 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area38700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.672, 140.768, 155.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

CA

21A-604-

HOH

31A-742-

HOH

41B-407-

HOH

詳細THE AUTHORS' STATE THAT ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. SEE DOI:10.1042/BJ20060771

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 33957.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: dapA, TM_1521 / プラスミド: MH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41
参照: UniProt: Q9X1K9, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.5
詳細: 28% PEG-400, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 0.2M Calcium chloride dihydrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月24日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: bent cylindrical Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. all: 68682 / Num. obs: 68682 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.25 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / 冗長度: 1.74 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique all: 5042 / Rsym value: 0.712 / % possible all: 65.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DHP

1dhp


解像度: 1.8→35.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.605 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED TO THE RIDING POSITIONS. 2. CONTINUOUS RESIDUAL DENSITY WAS MODELED AS WATER CHAINS. 3. HEPTAVALENT CALCIUM AND THREE WATERS WERE MODELED INTO PROMINENT DENSITY ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED TO THE RIDING POSITIONS. 2. CONTINUOUS RESIDUAL DENSITY WAS MODELED AS WATER CHAINS. 3. HEPTAVALENT CALCIUM AND THREE WATERS WERE MODELED INTO PROMINENT DENSITY ON A SPECIAL POSITION MEDIATING A CRYSTAL CONTACT. CALCIUM WAS SELECTED OVER MAGNESIUM BECAUSE: (A) APPARENTLY HEPTAVALENT COORDINATION, (B) BETTER RFREE, (C) THE B-FACTOR AGREED WITH THAT OF SURROUNDING ATOMS, AND (D) BOND LENGTHS. 4. ACTIVE SITE RESIDUE LYS161 IS COVALENTLY MODIFIED WITH PYRUVATE. THERE IS OTHER, POORLY DEFINED DENSITY ADJACENT TO THIS, IN THE ACTIVE SITE, BUT HAS BEEN MODELED AS WATER. 5. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18593 2656 5.1 %RANDOM
Rwork0.13941 ---
obs0.14174 49783 93.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.358 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4539 0 1 508 5048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9756284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.857310181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1395590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24124.421190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61915808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0021532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.24482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22613
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3420.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.27533021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.01454773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.53481802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.692111511
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 152 4.68 %
Rwork0.194 3094 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8094-0.2099-0.1181.212-0.14340.9775-0.02990.0564-0.0538-0.10830.00350.00540.10920.00920.0264-0.1731-0.01330.011-0.1265-0.0222-0.11321.59612.17519.371
20.8686-0.14120.16661.11860.06171.015-0.0840.04140.0573-0.01810.02130.0745-0.3082-0.07550.0626-0.07450.0253-0.0231-0.12020.0213-0.1066-6.67444.54520.411
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 294 / Label seq-ID: 13 - 306

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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