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- PDB-1o59: Crystal structure of Allantoicase (yir029w) from Saccharomyces ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o59
タイトルCrystal structure of Allantoicase (yir029w) from Saccharomyces cerevisiae at 2.40 A resolution
要素Allantoicase
キーワードHYDROLASE / YIR029W / ALLANTOICASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoicase / allantoicase activity / allantoin catabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能
Allantoicase / Allantoicase domain / Allantoicase repeat / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of an allantoicase (YIR029W) from Saccharomyces cerevisiae at 2.4 A resolution
著者: Xu, Q. / Schwarzenbacher, R. / Page, R. / Sims, E. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Cambell, J. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / ...著者: Xu, Q. / Schwarzenbacher, R. / Page, R. / Sims, E. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Cambell, J. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Jaroszewski, L. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rezezadeh, F. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / von Delft, F. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allantoicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4651
ポリマ－40,4651
非ポリマー00
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.209, 107.209, 134.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-577-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Allantoicase / Allantoate amidinohydrolase


分子量: 40464.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YIR029W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25335, allantoicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8756.81
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop30% Ethylene Glycol , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop30% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris1reservoirpH7.8
2150 mM1reservoirNaCl
38 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.976224
シンクロトロンSSRL BL9-220.979608, 0.918370, 0.979413
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2003年4月17日
ADSC QUANTUM 3152CCD2003年4月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1single crystal Si(111) bent monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9762241
20.9796081
30.918371
40.9794131
反射解像度: 2.4→54.554 Å / Num. all: 18532 / Num. obs: 18532 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 56.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1325 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 41.97 Å / Num. measured all: 94513
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.9999精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→41.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 13.449 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.215
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. SELENIUM OCCUPANCIES WERE SET TO 0.5, TO REFLECT VARIABLE INCORPORATION DURING EXPRESSION. THIS VALUE MINIMIZES RFREE AND THE AMOUNT OF DIFFERENCE DENSITY OVER THE SITES. 2. RESIDUES 188- ...詳細: 1. SELENIUM OCCUPANCIES WERE SET TO 0.5, TO REFLECT VARIABLE INCORPORATION DURING EXPRESSION. THIS VALUE MINIMIZES RFREE AND THE AMOUNT OF DIFFERENCE DENSITY OVER THE SITES. 2. RESIDUES 188-193 WERE OMITTED, BECAUSE THE STRONG DIFFERENCE DENSITY REMAINED AMBIGUOUS ABOUT THE PATH OF MAIN CHAIN TRACE; THE DENSITY WAS MODELED WITH WATER. 3. THE N-TERMINUS RETAINS STRONG DIFFERENCE DENSITY, SUGGESTING A DOUBLE CONFORMATION FOR MSE1; THIS PROVED DIFFICULT TO MODEL, SO THE CONFORMATION AGREEING BEST WITH EXPERIMENTAL DENSITY WAS RETAINED. 4. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22238 830 4.5 %RANDOM
Rwork0.17542 ---
obs0.17765 17676 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.277 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4 Å2-1.2 Å20 Å2
2---2.4 Å20 Å2
3---3.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2548 0 0 218 2766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9133554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83235478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3045312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26723.206131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.73815446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9631520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.22422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.51672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28522531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70631201
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6034.51023
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.245 1323
Rfree-0
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39751.3062-0.59122.0648-0.61541.94520.0171-0.35830.42640.3071-0.16260.3068-0.1779-0.01220.1455-0.2430.01060.027-0.2104-0.093-0.290531.82353.28249.019
23.0547-0.3312-0.9744.775-0.79443.0036-0.0425-0.15060.08140.13980.17770.70010.073-0.0168-0.1352-0.37780.01830.0501-0.2744-0.0211-0.347815.88129.32446.217
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
110 - 18712 - 199
22194 - 343206 - 355
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 18506 / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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