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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o4u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a nicotinate nucleotide pyrophosphorylase (tm1645) from thermotoga maritima at 2.50 A resolution | ||||||
![]() | Type II quinolic acid phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() quinolinate catabolic process / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a type II quinolic acid phosphoribosyltransferase (TM1645) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution 著者: Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. ...著者: Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qpnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 273 / Label seq-ID: 13 - 285
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31679.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: TM1645 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6 詳細: 10% PEG-6000, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月12日 / 詳細: flat mirror |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.501→38.29 Å / Num. all: 29194 / Num. obs: 29194 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 63.66 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2002 / Rsym value: 0.546 / % possible all: 93.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 125534 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.546 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1QPN 解像度: 2.5→38.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 19.677 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. UNEXPLAINED BLOB OF DENSITY AROUND RESIDUE 75 IN BOTH CHAINS, TOO LARGE AND FAR FROM RESIDUES TO BE WATER, NO METALS IN CRYSTALLIZATION SOLUTION. 2. RESIDUAL DENSITY FOR RESIDUE 209 COULD ...詳細: 1. UNEXPLAINED BLOB OF DENSITY AROUND RESIDUE 75 IN BOTH CHAINS, TOO LARGE AND FAR FROM RESIDUES TO BE WATER, NO METALS IN CRYSTALLIZATION SOLUTION. 2. RESIDUAL DENSITY FOR RESIDUE 209 COULD NOT BE MODELLED WITHOUT VIOLATING RAMACHANDRAN ANGLES; BUT MODELLED CONFORMATION CORRESPONDS TO HOMOLOGUE 1QPN. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.427 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.29 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3991 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.6 Å / Origin y: 22.743 Å / Origin z: 41.374 Å
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 272 / Label seq-ID: 13 - 284
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 29193 / Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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