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- PDB-1o2d: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase, iron-containing (TM09... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o2d
タイトルCrystal structure of Alcohol dehydrogenase, iron-containing (TM0920) from Thermotoga maritima at 1.30 A resolution
要素Alcohol dehydrogenase, iron-containing
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM0920 / ALCOHOL DEHYDROGENASE / IRON-CONTAINING / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Alcohol dehydrogenase, iron-containing
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of an iron-containing 1,3-propanediol dehydrogenase (TM0920) from Thermotoga maritima at 1.3 A resolution
著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Canaves, J.M. / Brinen, L.S. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshaghi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Guda, C. ...著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Canaves, J.M. / Brinen, L.S. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshaghi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Guda, C. / Jaroszewski, L. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.A. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Robb, A. / Rodrigues, K. / Selby, T.L. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年6月10日ID: 1J5R
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 1 .. 900 B 1 .. 900 0.620 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK: NULL

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase, iron-containing
B: Alcohol dehydrogenase, iron-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7278
ポリマ－83,8852
非ポリマー1,8436
水16,069892
1
A: Alcohol dehydrogenase, iron-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8644
ポリマ－41,9421
非ポリマー9213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alcohol dehydrogenase, iron-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8644
ポリマ－41,9421
非ポリマー9213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.047, 85.283, 72.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.92814, 0.2932, -0.22933), (-0.28917, -0.95588, -0.05173), (-0.23438, 0.0183, 0.97197)
ベクター: 42.86662, 48.62051, 24.52695)

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase, iron-containing


分子量: 41942.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X022, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.36 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.7
詳細: 20% PEG-300, 10% glycerol, 0.1M Tris pH 8.5 5% (w/v) PEG-8000, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, pH 8.70, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG3001reservoir
25 %(w/v)PEG80001reservoir
310 %glycerol1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.99184
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月29日 / 詳細: FLAT MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→38.19 Å / Num. obs: 167310 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.67 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.585 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 72 Å / Num. obs: 167354 / Num. measured all: 542582 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.955精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→38.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.031 / SU ML: 0.036 / Isotropic thermal model: Isotropic/Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE MODEL OF THE ACTIVE SITE AROUND THE METAL (FE) IS APPARENTLY STILL INCOMPLETE, AND POSSIBLY A SUPERPOSITION OF STATES: THE METAL (FE) IS PARTIALLY OCCUPIED (REFINED IN SHELX). A LIGATING ...詳細: THE MODEL OF THE ACTIVE SITE AROUND THE METAL (FE) IS APPARENTLY STILL INCOMPLETE, AND POSSIBLY A SUPERPOSITION OF STATES: THE METAL (FE) IS PARTIALLY OCCUPIED (REFINED IN SHELX). A LIGATING SIDE-CHAIN (H256) HAS DUAL CONFORMATION. OMIT DENSITY FOR THE NICOTINAMIDE RING IS WEAK. RESIDUAL DIFFERENCE DENSITY PEAKS PERSIST NEAR NICOTINAMIDE NC5 ATOM, NEAR ENOUGH TO COMPETE FOR METAL LIGATION. ONLY ONE STATE, THE MOST DEFENSIBLE ONE, HAS BEEN MODELLED. SHELX/CCP4/ TLS WERE ALSO USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 8371 5 %RANDOM
Rwork0.137 ---
obs0.139 158936 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→38.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5596 0 116 892 6604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.9977919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.989312486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3065721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47524.222225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.553151027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2521526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.26298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23323
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.52423598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2935828
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.11482237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.922112089
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.571311181
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.2383894
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.969311057
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 627
Rwork0.268 11928
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9410.3670.11550.84770.11730.6968-0.02840.1393-0.1055-0.07160.0659-0.10710.06960.0559-0.03750.0045-0.00010.00080.0173-0.01830.019511.89143.34543.634
20.83620.32140.09510.86890.17820.79390.01670.13090.075-0.15570.01910.0106-0.11690.0202-0.03590.06610.00630.00310.0260.00120.017834.4251.73265.072
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 35913 - 371
21AE18001800
31AC900900
42BB-1 - 35811 - 370
52BF18011801
62BD900900
精密化
*PLUS
最低解像度: 72 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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