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万見
- PDB-1o1x: Crystal structure of a ribose 5-phosphate isomerase rpib (tm1080)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o1x
タイトルCrystal structure of a ribose 5-phosphate isomerase rpib (tm1080) from thermotoga maritima at 1.90 A resolution
要素ribose-5-phosphate isomerase RpiB
キーワードISOMERASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


D-allose catabolic process / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch
類似検索 - 分子機能
Ribose 5-phosphate isomerase B / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Ribose 5-phosphate Isomerase B; Chain: A, / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sugar-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a ribose-5-phosphate isomerase RpiB (TM1080) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution.
著者: Xu, Q. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / von Delft, F. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / ...著者: Xu, Q. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / von Delft, F. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, F. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS A TETRAMER WITH 222 POINT SYMMETRY, FORMED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, AS ADJUDGED BY EXTENSIVE HYDROPHOBIC CONTACTS BETWEEN THESE UNITS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribose-5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6262
ポリマ－17,5071
非ポリマー1181
水3,819212
1
A: ribose-5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子

A: ribose-5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子

A: ribose-5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子

A: ribose-5-phosphate isomerase RpiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5038
ポリマ－70,0304
非ポリマー4734
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area10130 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.490, 73.890, 87.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 ribose-5-phosphate isomerase RpiB


分子量: 17507.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0G9, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7
詳細: 40 % (+/-)-2-Methyl-2,4-Pentanediol; 0.1 M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
412 mg/mlprotein1drop
540 %MPD1reservoir
60.1 MHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.91837, 0.97931, 0.97892
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月26日
詳細: FLAT MIRROR,SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT MONOCHROMATOR
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979311
30.978921
反射解像度: 1.9→29.788 Å / Num. obs: 15973 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 29.79 Å / Observed criterion σ(F): 0 / Num. measured all: 75731 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALAデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
XFITデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 4.442 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THERE IS WEAK DIFFERENCE DENSITY AT THE N-TERMINUS, APPARENTLY INDICATING AT LEAST ONE MORE HIS- TAG RESIDUE; IT WAS NOT MODELLED BECAUSE AT FULL OCCUPANCY, IT RESULTS IN A WORSE RFREE. ...詳細: THERE IS WEAK DIFFERENCE DENSITY AT THE N-TERMINUS, APPARENTLY INDICATING AT LEAST ONE MORE HIS- TAG RESIDUE; IT WAS NOT MODELLED BECAUSE AT FULL OCCUPANCY, IT RESULTS IN A WORSE RFREE. SEVERAL LARGE BLOBS OF DIFFERENCE DENSITY THAT COULD NOT BE UNAMBIGUOUSLY IDENTIFIED, AND HAVE BEEN MODELLED AS CLOSELY-SPACED SOLVENT INSTEAD. THESE OCCUR NEAR THE FOLLOWING:A25, A51, A60, A82, A114, A127, A133. INITIAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING CNS. REBUILDING WAS PERFORMED USING XFIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.138 803 5 %random
Rwork0.117 ---
obs0.118 15168 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1139 0 8 212 1359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9631622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93432603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5295144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57123.44858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.57215215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7321510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.21269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3080.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7721.5724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46721167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5623475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2464.5455
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.19 60
Rwork0.213 1030
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.905 Å / Origin y: 7.165 Å / Origin z: 29.085 Å
111213212223313233
T0.0047 Å20.0014 Å2-0.0128 Å2--0.0036 Å20.0144 Å2---0.0011 Å2
L1.1105 °2-0.1773 °2-0.2288 °2-0.8983 °20.083 °2--1.1127 °2
S-0.0173 Å °0.0099 Å °-0.0212 Å °-0.0314 Å °0.0247 Å °0.0693 Å °-0.0308 Å °-0.0846 Å °-0.0074 Å °
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.955 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 29.79 Å / Num. reflection all: 15971 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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