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- PDB-1o15: THEOPHYLLINE-BINDING RNA IN COMPLEX WITH THEOPHYLLINE, NMR, REGUL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o15
タイトルTHEOPHYLLINE-BINDING RNA IN COMPLEX WITH THEOPHYLLINE, NMR, REGULARIZED MEAN STRUCTURE, REFINEMENT WITH TORSION ANGLE AND BASE-BASE POSITIONAL DATABASE POTENTIALS AND DIPOLAR COUPLINGS
要素THEOPHYLLINE-BINDING RNA
キーワードRNA / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性THEOPHYLLINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Kuszewski, J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Improving the Accuracy of NMR Structures of RNA by Means of Conformational Database Potentials of Mean Force as Assessed by Complete Dipolar Coupling Cross-Validation
著者: Clore, G.M. / Kuszewski, J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Interlocking Structural Motifs Mediate Molecular Discrimination by a Theophylline-Binding RNA
著者: Zimmermann, G.R. / Jenison, R.D. / Wick, C.L. / Simorre, J.P. / Pardi, A.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Refinement of Local and Long Range Structural Order in Theophylline-Binding RNA Using Using 13C-1H Residual Dipolar Couplings and Restrained Molecular Dynamics.
著者: Sibille, N. / Pardi, A. / Simorre, J.P. / Blackledge, M.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Improving the Accuracy of NMR Structures of DNA by Means of a Database Potential of Mean Force Describing Base-Base Positional Interactions.
著者: Kuszewski, J. / Schwieters, C. / Clore, G.M.
履歴
登録2002年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark ...database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 8 THE RESTRAINTS USED FOR DETERMINATION OF THIS STRUCTURE ARE SUMMARIZED AS FOLLOWS: DISTANCE ... THE RESTRAINTS USED FOR DETERMINATION OF THIS STRUCTURE ARE SUMMARIZED AS FOLLOWS: DISTANCE RESTRAINTS 30 INTRARESIDUE NOES 86 SEQUENTIAL NOES 17 MEDIUM RANGE (1 < |i-j|<5) NOES 90 LONG RANGE (|i-j|>=5) NOES 52 DISTANCES FOR 8 W-C BASE PAIRS and 1 G-U WOBBLE PAIR TOTAL: 223 LOOSE TORSION ANGLE RESTRAINTS 31 DELTA 33 CHI 9 ALPHA, 9 BETA, 10 GAMMA, 9 EPSILON AND 9 ZETA TOTAL: 110. 13C-1H DIPOLAR COUPLINGS 55 SUGAR 46 BASE TOTAL 101

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THEOPHYLLINE-BINDING RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8192
ポリマ－10,6381
非ポリマー1801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 250RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 THEOPHYLLINE-BINDING RNA


分子量: 10638.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: CONSENSUS SEQUENCE OF THE THEOPHYLLINE BINDING RNA APTAMER FLANKED BY A FOUR BASE-PAIR STEM, A THREE BASE-PAIR STEM, AND CAPPED BY A GAAA TETRALOOP
#2: 化合物 ChemComp-TEP / THEOPHYLLINE / テオフィリン


分子量: 180.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N4O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE DIPOLAR COUPLINGS WERE DIVIDED INTO 10 PAIRS OF WORKING AND TEST DATA SETS CHOSEN AT RANDOM AND PARTITIONED IN A RATIO OF 70% (WORKING) AND 30% (TEST). 25 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES ...Text: THE DIPOLAR COUPLINGS WERE DIVIDED INTO 10 PAIRS OF WORKING AND TEST DATA SETS CHOSEN AT RANDOM AND PARTITIONED IN A RATIO OF 70% (WORKING) AND 30% (TEST). 25 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES WERE CALCULATED FOR EACH PAIR, RESULTING IN A TOTAL OF 250 STRUCTURES. THE STRUCTURE REPORTED HERE IS OBTAINED BY RESTRAINED REGULARIZED OF THE MEAN COORDINATES OF THE ENSEMBLE OF 250 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES CALCULATED WITH COMPLETE DIPOLAR COUPLING CROSS-VALIDATION. FOR THE ENSEMBLE OF 250 STRUCTURES THE WORKING DIPOLAR COUPLING R-FACTOR IS 8.6+/-0.5% AND THE FREE DIPOLAR COUPLING R-FACTOR IS 26.8+/-2.8%.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

NMR software名称: X-PLOR NIH / バージョン: (HTTP://NMR.CIT.NIH.GOV/XPLOR_NIH) / 開発者: CLORE, KUSZEWSKI, SCHWIETERS, TJANDRA / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 223 NOE, 52 DISTANCES FOR WATSON-CRICK HYDROGEN BONDS, AND 110 TORSION ANGLE RESTRAINTS, 101 CH DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS. THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS ...詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 223 NOE, 52 DISTANCES FOR WATSON-CRICK HYDROGEN BONDS, AND 110 TORSION ANGLE RESTRAINTS, 101 CH DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS. THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS ARE ESSENTIALLY THE SAME AS THOSE LISTED IN N.SIBILLE,A.PARDI,J.P.SIMORRE,M.BLACKLEDGE J.AM.CHEM.SOC. V 123, 12135 2001. THE NON-BONDED CONTACTS ARE REPRESENTED BY A QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM, A BASE-BASE POSITIONING DATABASE POTENTIAL OF MEAN FORCE, AND A TORSION ANGLE DATABASE POTENTIAL OF MEAN FORCE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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