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万見
- PDB-1o13: Crystal structure of a putative dinitrogenase iron-molybdenum cof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o13
タイトルCrystal structure of a putative dinitrogenase iron-molybdenum cofactor (tm1816) from thermotoga maritima at 1.83 A resolution
要素probable NifB protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Ribonuclease h-like motif fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性MTH1175 domain / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis domain / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis superfamily / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of probable NifB protein that is involved in FeMo-Co biosynthesis TM1816 from Thermotoga maritima at 1.83 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2002年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52023年1月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: probable NifB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2511
ポリマ－15,2511
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.57, 39.84, 85.77
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 probable NifB protein


分子量: 15250.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: involved in FeMo-Co biosynthesis
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X2D6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.2
詳細: 0.1M phosphate-citrate 40%(v/v) PEG-600, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 4.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97903, 0.91837, 0.97874
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月5日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979031
20.918371
30.978741
反射解像度: 1.83→42.871 Å / Num. obs: 10393 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 24.76 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.945 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.83→42.87 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: THERE WAS NO DENSITY FOR THE FINAL 17 RESIDUES OF THE GENE SEQUENCE. WATERS WERE ADDED TO 3.0+ SIGMA PEAKS IN MFO-DFC MAPS IN APPROPRIATE H-BONDING POSITIONS USING THE CNS WATER_PICK AND WATER_DELETE SCRIPTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 498 4.8 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 10351 99.9 %-
all-10351 --
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 0.46 Å2 / ksol: 243.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.928 Å20 Å20 Å2
2---2.383 Å20 Å2
3---9.312 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数808 0 0 96 904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.56
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9142.5
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3684 63 5.6 %
Rwork0.287 1053 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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