PDB-1nzc: The high resolution structures of RmlC from Streptococcus suis in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nzc

タイトル

The high resolution structures of RmlC from Streptococcus suis in complex with dTDP-D-xylose

要素

dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Jelly roll-like structure / Beta sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus suis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dong, C. / Major, L.L. / Allen, A. / Blankenfeldt, W. / Maskell, D. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: High-Resolution Structures of RmlC from Streptococcus suis in Complex with Substrate Analogs Locate the Active Site of This Class of Enzyme
著者: Dong, C. / Major, L.L. / Allen, A. / Blankenfeldt, W. / Maskell, D. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2003年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nzc.cif.gz	351.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nzc.ent.gz	281.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nzc_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nzc_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	1nzc_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	1nzc_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/1nzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/1nzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nxmC 1nywSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ixl-1 4rv5-2 4tmx-1 6rkf-5 1xsr-d 6rkf-2 1xsq-d 4oat-1 2ixk-d 4tn1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

B: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

C: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

D: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

92.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

B: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

D: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.850, 140.866, 53.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.72, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	A	A	22 - 27	22 - 27
2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	B	B	22 - 27	22 - 27
3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	C	C	22 - 27	22 - 27
4	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	D	D	22 - 27	22 - 27
5	2	LEU	LEU	SER	SER	2	A	A	60 - 67	60 - 67
6	2	LEU	LEU	SER	SER	2	B	B	60 - 67	60 - 67
7	2	LEU	LEU	SER	SER	2	C	C	60 - 67	60 - 67
8	2	LEU	LEU	SER	SER	2	D	D	60 - 67	60 - 67
9	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	A	A	71 - 77	71 - 77
10	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	B	B	71 - 77	71 - 77
11	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	C	C	71 - 77	71 - 77
12	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	D	D	71 - 77	71 - 77
13	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	A	A	80 - 86	80 - 86
14	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	B	B	80 - 86	80 - 86
15	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	C	C	80 - 86	80 - 86
16	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	D	D	80 - 86	80 - 86
17	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	A	A	90 - 101	90 - 101
18	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	B	B	90 - 101	90 - 101
19	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	C	C	90 - 101	90 - 101
20	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	D	D	90 - 101	90 - 101
21	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	A	A	106 - 113	106 - 113
22	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	B	B	106 - 113	106 - 113
23	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	C	C	106 - 113	106 - 113
24	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	D	D	106 - 113	106 - 113
25	7	SER	SER	PRO	PRO	2	A	A	116 - 122	116 - 122
26	7	SER	SER	PRO	PRO	2	B	B	116 - 122	116 - 122
27	7	SER	SER	PRO	PRO	2	C	C	116 - 122	116 - 122
28	7	SER	SER	PRO	PRO	2	D	D	116 - 122	116 - 122
29	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	A	A	125 - 131	125 - 131
30	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	B	B	125 - 131	125 - 131
31	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	C	C	125 - 131	125 - 131
32	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	D	D	125 - 131	125 - 131
33	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	A	A	136 - 142	136 - 142
34	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	B	B	136 - 142	136 - 142
35	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	C	C	136 - 142	136 - 142
36	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	D	D	136 - 142	136 - 142
37	10	PHE	PHE	MET	MET	4	A	A	6 - 21	6 - 21
38	10	PHE	PHE	MET	MET	4	B	B	6 - 21	6 - 21
39	10	PHE	PHE	MET	MET	4	C	C	6 - 21	6 - 21
40	10	PHE	PHE	MET	MET	4	D	D	6 - 21	6 - 21
41	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	A	A	27 - 59	27 - 59
42	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	B	B	27 - 59	27 - 59
43	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	C	C	27 - 59	27 - 59
44	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	D	D	27 - 59	27 - 59
45	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	A	A	68 - 70	68 - 70
46	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	B	B	68 - 70	68 - 70
47	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	C	C	68 - 70	68 - 70
48	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	D	D	68 - 70	68 - 70
49	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	A	A	78 - 79	78 - 79
50	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	B	B	78 - 79	78 - 79
51	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	C	C	78 - 79	78 - 79
52	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	D	D	78 - 79	78 - 79
53	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	A	A	87 - 89	87 - 89
54	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	B	B	87 - 89	87 - 89
55	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	C	C	87 - 89	87 - 89
56	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	D	D	87 - 89	87 - 89
57	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	A	A	102 - 105	102 - 105
58	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	B	B	102 - 105	102 - 105
59	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	C	C	102 - 105	102 - 105
60	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	D	D	102 - 105	102 - 105
61	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	A	A	114 - 115	114 - 115
62	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	B	B	114 - 115	114 - 115
63	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	C	C	114 - 115	114 - 115
64	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	D	D	114 - 115	114 - 115
65	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	A	A	123 - 124	123 - 124
66	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	B	B	123 - 124	123 - 124
67	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	C	C	123 - 124	123 - 124
68	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	D	D	123 - 124	123 - 124
69	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	A	A	132 - 135	132 - 135
70	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	B	B	132 - 135	132 - 135
71	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	C	C	132 - 135	132 - 135
72	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	D	D	132 - 135	132 - 135
73	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	A	A	143 - 197	143 - 197
74	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	B	B	143 - 197	143 - 197
75	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	C	C	143 - 197	143 - 197
76	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	D	D	143 - 197	143 - 197

#1: タンパク質	dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase / E.C.5.1.3.13 / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase 分子量: 22488.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: serotype 2 / 遺伝子: rmlc / プラスミド: pET21(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8GIQ0, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-TDX / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-BETA-D-XYLOSE / チミジン5′-二りん酸β-(α-D-キシロピラノシル) 分子量: 534.303 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₅P₂
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.9 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1 M Tris, 4 mM NiCl2,10 mM dTDP-D-xylose, 35% PEG 2000, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	7 mg/ml	protein	1	drop
2	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.2
3	4 mM		1	reservoir		NiCl2
4	35 %	PEG2000	1	reservoir
5	10 mM	dTDP-D-xylose	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月28日
放射	モノクロメーター: Liquid gallium cooled, bent, triangulary Si111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50.79 Å / Num. all: 63995 / Num. obs: 63969 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 2.96 / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.126 / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.81 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 500 / R_sym value: 0.085 / % possible all: 43.3
反射	PLUS Num. obs: 63995 / Num. measured all: 659635 / R_merge(I) obs*: 0.117
反射シェル	PLUS % possible obs: 43.3 % / R_merge(I) obs*: 0.085

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1NYW

1nyw

解像度: 1.8→70.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.022 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.574 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21562	3217	5 %	RANDOM
R_work	0.16445	-	-	-
obs	0.16698	60716	91.8 %	-
all	-	87974	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.142 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→70.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6304	0	138	874	7316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	6627
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.969	9010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	13417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.41	5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	6640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.289	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.271	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.35	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.747	1.5	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.294	2	6246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.847	3	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.882	4.5	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.119	2	6627
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.886	2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.069	2	6439

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	954	tight positional	0.05	0.05
2	B	954	tight positional	0.1	0.05
3	C	954	tight positional	0.05	0.05
4	D	954	tight positional	0.04	0.05
1	A	1725	medium positional	0.71	0.5
2	B	1725	medium positional	1.2	0.5
3	C	1725	medium positional	0.69	0.5
4	D	1725	medium positional	0.66	0.5
1	A	282	loose positional	0.98	5
2	B	282	loose positional	0.9	5
3	C	282	loose positional	0.74	5
4	D	282	loose positional	0.59	5
1	A	954	tight thermal	0.11	0.5
2	B	954	tight thermal	0.11	0.5
3	C	954	tight thermal	0.09	0.5
4	D	954	tight thermal	0.1	0.5
1	A	1725	medium thermal	0.76	2
2	B	1725	medium thermal	0.83	2
3	C	1725	medium thermal	0.54	2
4	D	1725	medium thermal	0.69	2
1	A	282	loose thermal	2.06	10
2	B	282	loose thermal	2.61	10
3	C	282	loose thermal	0.88	10
4	D	282	loose thermal	2.97	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / R_factor R_free error: 0.142 / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.26	121
R_work	0.148	2436
obs	-	2436

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0002	0.0174	0.3548	1.3336	-0.1216	1.0936	-0.026	-0.1404	0.0206	0.2321	-0.0144	-0.1809	-0.013	0.1711	0.0403	0.0361	0.0125	-0.027	0.0876	0.0125	0.0745	15.673	-0.987	19.085
2	0.8535	0.1145	0.3239	0.9506	-0.1014	0.9211	-0.0289	0.0359	0.0402	-0.1343	0.0305	0.2212	-0.0153	-0.1725	-0.0016	0.0161	0.0146	-0.0152	0.0666	0.0149	0.098	-5.832	-0.031	1.687
3	1.0268	0.2839	0.3187	0.6164	0.0612	0.8971	0.0463	-0.0758	-0.0278	0.067	-0.0209	-0.154	0.0504	0.0519	-0.0254	0.035	-0.007	0.0049	0.0081	-0.0205	0.0573	23.214	103.948	58.751
4	0.9266	0.3369	0.3728	0.9101	0.2309	0.815	-0.0776	0.1524	0.0791	-0.1907	0.0553	0.0863	-0.0489	-0.0627	0.0223	0.0514	-0.0334	0.0132	0.058	0.0017	0.025	8.46	106.138	35.697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 197	2 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 197	2 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 197	4 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 197	4 - 197

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.216 / R_factor R_work: 0.164

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.58

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / R_factor R_free: 0.26

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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