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- PDB-1nz1: Solution structure of the S. cerevisiae U6 Intramolecular stem-lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nz1
タイトルSolution structure of the S. cerevisiae U6 Intramolecular stem-loop containing an SP phosphorothioate at nucleotide U80
要素SP U6 Intramolecular Stem-Loop RNA
キーワードRNA / U6 RNA / stem-loop / phosphorothioate / Sp phosphorothioate / residual dipolar coupling / RDC
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Torsion angle, molecular dynamics, simulated annealing, residual dipolar coupling
データ登録者Reiter, N.J. / Nikstad, L.J. / Allman, A.M. / Johnson, R.J. / Butcher, S.E.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2003
タイトル: Structure of the U6 RNA intramolecular stem-loop harboring an S(P)-phosphorothioate modification.
著者: Reiter, N.J. / Nikstad, L.J. / Allman, A.M. / Johnson, R.J. / Butcher, S.E.
履歴
登録2003年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SP U6 Intramolecular Stem-Loop RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6851
ポリマ－7,6851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #15lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 SP U6 Intramolecular Stem-Loop RNA / SP ISL RNA


分子量: 7684.681 Da / 分子数: 1 / 変異: A62G / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic RNA (Dharmacon, Inc.) was prepared containing an SP phosphorothioate modification at nucleotide U80. The Sp RNA was separated from the Rp RNA diastereomer using reverse-phase high ...詳細: Synthetic RNA (Dharmacon, Inc.) was prepared containing an SP phosphorothioate modification at nucleotide U80. The Sp RNA was separated from the Rp RNA diastereomer using reverse-phase high pressure liquid chromatography.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
222HSQC
333HSQC
3432D NOESY
3532D TOCSY
NMR実験の詳細Text: Solution structure based on 322 NOE derived distance restraints, 144 dihedral angle restraints, 25 hydrogen bond restraints, and 40 residual dipolar copupling restraints.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1.2 mM RNA, 50 mM NaCL, pH 7.0H2O
20.8-1.2 mM RNA, 50 mM NaCL, pH 7.0, 17 mg/mL PF1 PhageH2O
30.8-1.2 mM RNA, 50 mM NaCL, pH 7.0D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM NaCl 7.0 ambient 283 K
250 mM NaCl 7.2 ambient 303 K
350 mM NaCl 7.0 ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX5003
Bruker DMXBrukerDMX4004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
Felix98Accelrys解析
Sparky3Goddard, T.D. and D.G. Knellerデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: Torsion angle, molecular dynamics, simulated annealing, residual dipolar coupling
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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