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- PDB-1nyk: Crystal Structure of the Rieske protein from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nyk
タイトルCrystal Structure of the Rieske protein from Thermus thermophilus
要素Rieske iron-sulfur protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / beta barrel / Iron Sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Rieske iron-sulfur protein / Quinol-cytochrome c reductase, Rieske iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Hunsicker-Wang, L.M. / Heine, A. / Chen, Y. / Luna, E.P. / Todaro, T. / Zhang, Y.M. / Williams, P.A. / McRee, D.E. / Hirst, J. / Stout, C.D. / Fee, J.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: High resolution structure of the soluble, respiratory-type Rieske protein from Thermus thermophilus: Analysis and Comparison
著者: Hunsicker-Wang, L.M. / Heine, A. / Chen, Y. / Luna, E.P. / Todaro, T. / Zhang, Y.M. / Williams, P.A. / McRee, D.E. / Hirst, J. / Stout, C.D. / Fee, J.A.
履歴
登録2003年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999AUTHORS STATED THAT RESIDUE ARG 173 OF THE DEPOSITED SEQUENCE IS CORRECT AND THAT THE GENBANK ...AUTHORS STATED THAT RESIDUE ARG 173 OF THE DEPOSITED SEQUENCE IS CORRECT AND THAT THE GENBANK SEQUENCE IS IN ERROR AT THIS POSITION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rieske iron-sulfur protein
B: Rieske iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2767
ポリマ－34,8522
非ポリマー4255
水6,323351
1
A: Rieske iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6755
ポリマ－17,4261
非ポリマー2494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rieske iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6022
ポリマ－17,4261
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.569, 78.267, 136.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1234-

HOH

21A-1250-

HOH

31A-1261-

HOH

41A-1278-

HOH

51A-1286-

HOH

61B-1326-

HOH

71B-1334-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Rieske iron-sulfur protein


分子量: 17425.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10 / 参照: UniProt: O52396, UniProt: Q5SGZ9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Peg 4000, Tris, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
225 %PEG40001reservoir
3100 mMTris1reservoirpH8.5
40.1-0.4 M1reservoirMgCl2
51reservoir10000-11000nmH2O

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-211.7373, 1.3776, 1.7415
シンクロトロンSSRL BL7-120.965
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月20日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorMADMx-ray1
2single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.73731
21.37761
31.74151
40.9651
反射解像度: 1.3→24 Å / Num. obs: 74518 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 4.2 %
反射 シェル解像度: 1.31→1.37 Å / % possible all: 90.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 76407 / Num. measured all: 319817 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.31→24 Å / Num. parameters: 23819 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 3%
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2125 3722 5.3 %RANDOM
Rwork0.1576 ---
all0.1592 74518 --
obs0.1592 74518 93.4 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2301 / Occupancy sum non hydrogen: 2668.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2310 0 11 351 2672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.189 / Rfactor Rwork: 0.137
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.28
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.212 / Rfactor Rwork: 0.158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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