PDB-1nxm: The high resolution structures of RmlC from Streptococcus suis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nxm

タイトル

The high resolution structures of RmlC from Streptococcus suis

要素

dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Jelly roll-like structure / Beta sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus suis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Dong, C. / Major, L.L. / Allen, A. / Blankenfeldt, W. / Maskell, D. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: High-Resolution Structures of RmlC from Streptococcus suis in Complex with Substrate Analogs Locate the Active Site of This Class of Enzyme
著者: Dong, C. / Major, L.L. / Allen, A. / Blankenfeldt, W. / Maskell, D. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2003年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nxm.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nxm.ent.gz	154.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nxm_validation.pdf.gz	405.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nxm_full_validation.pdf.gz	407.1 KB	表示
XML形式データ	1nxm_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	1nxm_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nywC 1nzcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nyw-d 2ixj-1 2j3r-d 1ujj-d 2b9u-6 4lr8-3 1hvf-d 4gyo-3 6k25-d 2a11-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

B: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.671, 81.624, 52.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.80, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	A	A	22 - 27	22 - 27
2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	B	B	22 - 27	22 - 27
3	2	LEU	LEU	SER	SER	2	A	A	60 - 67	60 - 67
4	2	LEU	LEU	SER	SER	2	B	B	60 - 67	60 - 67
5	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	A	A	71 - 77	71 - 77
6	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	B	B	71 - 77	71 - 77
7	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	A	A	80 - 86	80 - 86
8	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	B	B	80 - 86	80 - 86
9	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	A	A	90 - 101	90 - 101
10	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	B	B	90 - 101	90 - 101
11	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	A	A	106 - 113	106 - 113
12	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	B	B	106 - 113	106 - 113
13	7	SER	SER	PRO	PRO	2	A	A	116 - 122	116 - 122
14	7	SER	SER	PRO	PRO	2	B	B	116 - 122	116 - 122
15	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	A	A	125 - 131	125 - 131
16	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	B	B	125 - 131	125 - 131
17	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	A	A	136 - 142	136 - 142
18	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	B	B	136 - 142	136 - 142
19	10	PHE	PHE	MET	MET	4	A	A	6 - 21	6 - 21
20	10	PHE	PHE	MET	MET	4	B	B	6 - 21	6 - 21
21	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	A	A	27 - 59	27 - 59
22	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	B	B	27 - 59	27 - 59
23	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	A	A	68 - 70	68 - 70
24	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	B	B	68 - 70	68 - 70
25	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	A	A	78 - 79	78 - 79
26	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	B	B	78 - 79	78 - 79
27	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	A	A	87 - 89	87 - 89
28	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	B	B	87 - 89	87 - 89
29	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	A	A	102 - 105	102 - 105
30	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	B	B	102 - 105	102 - 105
31	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	A	A	114 - 115	114 - 115
32	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	B	B	114 - 115	114 - 115
33	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	A	A	123 - 124	123 - 124
34	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	B	B	123 - 124	123 - 124
35	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	A	A	132 - 135	132 - 135
36	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	B	B	132 - 135	132 - 135
37	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	A	A	143 - 197	143 - 197
38	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	B	B	143 - 197	143 - 197

#1: タンパク質	dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase / E.C.5.1.3.13 / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase 分子量: 22488.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: serotype 2 / 遺伝子: rmlc / プラスミド: pET21(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8GIQ0, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase / E.C.5.1.3.13 / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase

分子量: 22488.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Streptococcus suis (バクテリア) / 株: serotype 2 / 遺伝子: rmlc / プラスミド: pET21(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8GIQ0, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.07 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 2000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris , 4 mM NiCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	7 mg/ml	protein	1	drop
2	0.2 M		1	reservoir	MgCl2
3	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.5
4	25 %	PEG2000	1	reservoir
5			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月3日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→28.3 Å / Num. obs: 84137 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 3.64 / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4517 / R_sym value: 0.241 / % possible all: 84.1
反射	PLUS 最低解像度: 28.3 Å / Num. obs: 85539 / Num. measured all: 1012876 / R_merge(I) obs*: 0.039
反射シェル	PLUS % possible obs: 84 % / R_merge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs*: 3.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.678 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17428	4225	5 %	RANDOM
R_work	0.14313	-	-	-
obs	0.14465	79880	94.89 %	-
all	-	88637	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	-0.23 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.052 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3230	0	0	633	3863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.941	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.836	3	6790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.702	5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.335	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.265	1.5	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.875	2	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.706	3	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.977	4.5	1308

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
944	tight positional	0.06	0.05
1589	medium positional	0.53	0.5
282	loose positional	0.56	5
944	tight thermal	0.38	0.5
1589	medium thermal	1.16	2
282	loose thermal	2.75	10

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.22	257
R_work	0.195	5229

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6681	0.1422	-0.0653	0.8807	-0.1581	0.5827	-0.0295	0.0422	0.0192	-0.0444	0.019	-0.0584	-0.0166	-0.0271	0.0105	0.032	0.0019	0.0081	0.0282	-0.0086	0.0076	9.845	9.345	2.713
2	1.6056	0.4699	0.3298	0.9011	0.1831	0.6713	0.159	-0.2078	-0.3362	0.1271	-0.0877	-0.0699	0.1059	-0.1229	-0.0712	0.0879	-0.0281	-0.0268	0.113	0.0536	0.1119	2.965	-9.564	22.829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 197	4 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 197	4 - 197

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.174 / R_factor R_work: 0.143

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.48

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 1.33 Å / R_factor R_free: 0.22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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